历届 生物信息学大会

高建召 2016-10-8 06:53

历届全国生物信息学学术大会 Cliff Gao 前言： 致谢：部分内容参考孙之荣教授的ppt。 热烈庆祝：第七届全国生物信息学与系统生物学学术大会在成都于2016年10月7日-10月9日在成都召开。 感想：回头梳理一下，感觉时光荏苒，白驹过隙。 第0届，国内最早的生物信息学学术会议：《华北地区生物信息学研讨会》，199 ...

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blast 本地化 格式化数据库 自建数据库 formatdb

高建召 2016-8-5 03:36

formatdb 参考： 博耘生物 » 《blast本地化：格式化数据库（formatdb详解）》 参考： http://boyun.sh.cn/bio/?p=1483 格式一个蛋白质数据库 formatdb -i protein_db_file_name.fasta -p T -o T 格式一个核酸数据库 formatdb -i acgt_db_file_name.fasta -p F -o T

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biopython 中文教程

高建召 2016-4-28 14:08

biopython 中文教程 http://biopython-cn.readthedocs.io/en/latest/cn/chr01.html 比对模块 http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.pairwise2-module.html from Bio import pairwise2 alignments = pairwise2.align.globalxx( ACCGT , ACG )

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开发计算生物学软件的建议

高建召 2016-1-1 12:45

开发计算生物学软件的建议 Cliff Gao 本文是总结《Ten simple rules for effective computational research》十条建议。 参考文献: Osborne JM, Bernabeu MO, Bruna M, Calderhead B, Cooper J, Dalchau N, et al. (2014) Ten Simple Rules for Effective Computational Research. PLoS Comput Biol 10(3): &n ...

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contact Number Contact Order Contact Map

高建召 2015-10-6 06:24

Contact Number: The contact number of an amino acid residue in a protein structure is defined by the number of C(beta) atoms around the C(beta) atom of the given residue, a quantity similar to, but different from, solvent accessible surface area. from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov ...

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viennaRNA package 安装

高建召 2014-8-11 17:16

(1)转到该 网址网站 http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/ （2）找到你需要的版本代码。例如选择ubuntu 下方出现两种方法。 （2-1）使用ppa法 sudo apt-add-repository ppa:j-4/vienna-rnasudo apt-get updatesudo apt-get install vienna-rna 或者 (2-2) 下载相应的ubuntu的二进制文件： ViennaRNA Packa ...

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使用 pdb文件的一些软件

高建召 2014-7-9 09:23

Software using PDB file HBPLUS http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/HBPLUS/ compute all possible van der Waals contacts and hydrogen bonds MOLMOL compute the relative solvent-accessible surface area of each amino acid from the protein structure. SCWRL http: ...

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Jmol 命令

高建召 2014-7-1 09:45

一个非常好的介绍 Jmol 命令的网站。 http://www.callutheran.edu/Academic_Programs/Departments/BioDev/omm/jsmol/scripting/molmast.htm http://www.callutheran.edu/BioDev/omm/surfaces/surfaces/surfaces.htm

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