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[25]邓磊   2019-3-18 17:27
高老师,您好!我用modlefinder计算了核苷酸替换率,还有AIC的一些值;现在准备根据得到的结果用MrBayes构建系统进化树,请问怎么把modlefinder得到的那些值运用到建树过程中呢?根据网上的操作好像基本上都没有用modlefinder计算出来的值。我也在网上搜了一些方法,还是不太明白,十分希望您能帮我解答!谢谢!
我的回复(2019-4-2 13:57):请参考《2018北京系统发育分析课件》完整版,里面有详细的说明,或加入生物软件交流群交流,群号:323809849(入群格式:实名-单位-专业)
[24]朱佳成   2018-11-13 20:59
高老师您好!想向您咨询下DanSP软件是怎么才能进行Ks、Kst、Z、Snn检验分析的呢?我拜读了您的 Genetic diversity and molecular evolution of arabis mosaic virus based on the CP gene sequence 这篇文章,对这里这几个数据很感兴趣,想知道是怎么来的,但是自己用DnaSP做了很久都没搞出来是怎么做的。
十分希望您能帮我解答!谢谢!
我的回复(2018-11-18 08:17):   QQ联系过,问题已经解决就不细复了
[23]blusmot   2016-9-22 10:30
高老师,您好,想请教您两个问题:
1. Structure 软件做遗传结构分析时,如果群体不满足(the loci are at Hardy-Weinberg equilibrium, and linkage equilibrium),那么是不是无法用该软件做分析??或者是对数据进行矫正后可以进行分析?
2. Fst values 的分析(比如不同品系间的Fst 两两比较),是不是需要首先满足数据的Hardy-Weinberg equilibrium, and linkage equilibrium,否则无法进行分析?
期待您的回答,十分感谢!
我的回复(2018-11-18 08:18):2016的问题,今天才看到,Sorry
[22]李珂   2016-3-18 17:10
高老师,您好,麻烦问下您用Bayesian skyline plot对种群进行分析时的导入文件是所有种群的序列文件还是要一个个单独分析?我之前只是用BEAST对单倍型进行分析,对种群分析不太清楚,谢谢您!
我的回复(2016-3-21 13:54):群体是自已定义的,可以根据需要定义不同的群体。
[21]陈小飞   2016-2-23 08:23
高老师,您好,请问运用MEGA软件进行多基因联合建树,如何操作的啊?我是新疆塔里木大学植物科学学院一名教师,一直被这事情困扰,希望能得到您的指教,浪费您宝贵时间,谢谢您!我的邮箱cxfzky@163.com.
我的回复(2016-2-27 12:56):陈老师:您好!MEGA不能进行多基因联合建树,除非联合的数据不分区(相当于单建基因建树)。目前支持多基因的软件主要有RaxML、Mrbayes、BEAST等软件,联合多基因建树,可以参考我的QQ空间日志,http://user.qzone.qq.com/58001704/blog/1396317591
[20]aptx0923   2016-1-13 15:40
高老师,您好想请问endnote更改output style后没有反应是什么原因,怎么解决
我的回复(2016-1-26 19:41):请加生物软件交流群交流,群号码:323809849
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[19]wuyunzhuiyatou   2016-1-8 13:28
哦,不好意思,忘了留邮箱,linokchao@126.com,谢谢老师
[18]wuyunzhuiyatou   2016-1-8 13:26
高老师,您好,请问您那里有Beast 2软件么,我在网上一直下载不了,您能给我发一个么?如果有详细的使用说明就再好不过了,谢谢您
我的回复(2016-1-26 19:42):请加生物软件交流群交流,群号码:323809849
[17]沐远   2015-12-9 19:12
高老师心血受益匪浅啊!  尤其是对于我们初学者来说,更是雪中送炭!!衷心感谢!!
我的回复(2015-12-12 16:42):  
[16]文彩芳   2015-6-26 23:42
您好,师兄!我发现了一个细菌的新种,用mega进树时置信度始终太低,请问是什么原因啊?审稿人叫我重新构建进化树,但一直不成功。有人给我建议说用ARB,但是这个软件我无法安装起,师兄可以给点建议吗?小妹不胜感激
我的回复(2015-8-14 20:18):不好意思,一直没仔细留言,置信度低有很多原因,但要规范建树,可以试试最大似然法和贝叶斯法。有问题,欢迎加入QQ群:323809849
[15]周向军   2015-1-25 17:19
非常对不起,实在不好意思,失礼了
[14]周向军   2015-1-24 01:11
老师 您好 您能把您的这本书给我发一下吗 谢谢您。 生物信息学分析实践,不方便也没有关系,谢谢
我的回复(2015-1-25 17:12):周老师,您好!这个书的版权归出版社,作为编写者不能自己分享电子版,希望理解。
PS:网上一些论坛已有流传电子版 ,您可以自己搜索下载。
[13]yingjiao   2014-11-12 15:43
DNAMAN 安装后为什么会出现“文件夹正在使用”的弹出框?可是没有使用,求解。
我的回复(2014-11-12 19:49):DNAMAN8会复制一份安装目录下的文件到“我的文档”下,有些系统需要权限,所以有些提示,建议更新新版。
[12]曹禺   2014-7-29 13:06
===以后多来高老师这里学习!
非常感谢高老师!
-曹禺
我的回复(2014-7-31 22:04):一起学习,多交流
[11]科陈秀贤   2014-7-26 14:55
高老师,好久没上科学网了,因为设计引物的缘故,看到您的博文,明朗多了。
我的回复(2014-7-26 22:59):  
[10]莫小柒   2014-6-9 19:43
不是的,是MEGAN,http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/megan5/
我的回复(2014-6-13 21:04):Sorry,没用过这款软件
[9]莫小柒   2014-6-2 19:42
高老师,您用过MEGAN软件吗,是否有相关的教程~多谢哈~
我的回复(2014-6-4 07:09):是MEGA吧?
[8]陈伟飞   2014-4-23 20:04
高老师 求更新
[7]明家琪   2014-4-3 08:41
向高老师致敬!!
[6]徐建堂   2013-10-2 13:18
小高,很高兴能够在这里看到你,特别是你的很多生物学软件,向你学习了。
我的回复(2013-10-2 14:42):    一起学习

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