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群体结构分析之Structure 篇完整版(By Raindy)
热度 10 高芳銮 2016-4-4 16:46
【絮语】 群体进化分析过程,经常要涉及群体结构分析,其中Structrue是分析群体结构组分的常用软件,本博文详细图解Structure分析的相关细节, 首发于本人QQ空间(http://user.qzone.qq.com/58001704),如需转载,请保留作者信息,谢谢! 【相关软件 】 数据格式转化:GenAIEx、 xmfaconvertor ...
个人分类: 软件教程|63845 次阅读|17 个评论 热度 10
正选择分析之 Branch site model 篇(By Raindy)
热度 2 高芳銮 2015-9-23 10:01
絮语:    关于 CodeML中的几种模型, 这里就不科普了, 推荐研读2015 年 Nature Reviews Genetics 的 这篇综述:    Sironi M, Cagliani R, Forni D, Clerici M. Evolutionary insights into host-pathogen interactions from mammalian sequence data. Nature Reviews Genetics, 2015, 16: 224-236. ...
个人分类: 软件教程|28423 次阅读|2 个评论 热度 2
《生物信息学分析实践》第九次印刷
热度 1 高芳銮 2015-8-17 17:41
本书从2010年出版以来,今年是第九次印刷,感谢各位读者的厚爱和意见建议! 再版工作正在筹备中,一些内容需要添加、更新,有兴趣的战友可以QQ群联系:323809849
个人分类: 生活点滴|13977 次阅读|1 个评论 热度 1
EasyCodeML开放测试,欢迎试用!
热度 1 高芳銮 2015-7-7 19:53
******************************************************************* EasyCodeML: an interactive visual tool for CodeML analysis *******************************************************************   对于基因或基因组的进化分析,特别是正选择的检测以及不同分支的选择约束,PAML是最常用的工具包 ...
个人分类: 软件教程|16484 次阅读|1 个评论 热度 1
群体历史动态推断之Mismatch distribution篇
热度 2 高芳銮 2015-6-23 15:54
引言:   当群体处于扩张时,理论上我们可以计算出扩张前或扩张后的群体大小以及发生扩张的时间。 错配分布(Mismatch distribution)是以 可视化方式 体现 群体 历史动态的一种方式。 一般群体在过去经受扩张或持续增长,其错配分布 曲线 会呈现单峰泊松分布,且Tajima's D 和Fu's F s等中性检验 ...
个人分类: 软件教程|32465 次阅读|3 个评论 热度 2
群体历史动态推断之Bayesian Skyline Plot篇
热度 10 高芳銮 2015-6-23 12:34
引言:   对于群体历史动态的推断,常常通过中性检验并结合错配分布(Mistmatch distibution)进行分析。当中性检验 ( Tajima'D and Fu's Fs ) 的值 为负值,统计显著时,且错配分布呈单峰分布时,说明所研究的群体可能在历史上经历过突然扩张的事件。实际上,群体历史动态往往比这些方法中所涉及 ...
33565 次阅读|20 个评论 热度 10
图解核苷酸替代模型的选择 - ModelGenerator 篇(By Raindy)
热度 2 高芳銮 2014-6-18 20:55
【絮语】   关于核苷酸替代模型的选择,本人空间已经先后介绍了MrModel、Modeltest、jModelTest等软件的使用图解, 这些软件各有优缺点。这里介绍另一款替代模型的选择软件- ModelGenerator 。相比较而言,该软件是目前唯一一款可以同时支持核苷酸(56种)和氨基酸(96种)替代模型的选择,且 ModelGenerator ...
个人分类: 软件教程|25178 次阅读|4 个评论 热度 2
基因重组分析及检验图解教程(Simplot 篇)
高芳銮 2014-5-20 20:11
【 絮语】   基因重组是病毒进化的一个重要机制,通过基因重组病毒可以产生大量的遗传变异,这远比仅仅由突变造成的变异来得更快。为揭示基因 重 组等遗传机制在某些基因进化中的作用,通常需要开展重组分析,以获得可能存在的重组信号,并通过相应的方法进行潜在重组信号的可靠性检验。年前受多位群友之邀(生 ...
个人分类: 软件教程|43402 次阅读|没有评论

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