图解核苷酸替代模型的选择 - jModelTest 篇(By Raindy)

热度 6 高芳銮 2014-5-4 23:07

【絮语】 　　 系统发育分析中， 最大似然法（ML）和贝叶斯法（BI）是对替换模型非常敏感的两种算法 ，因此利用ML法或BI法重建系统发育树前，核苷酸替换模型的选择是必不可少的过程。目前， 核苷酸替换模型的选择软件目前常见有MrModelTest、ModelTest和jModelTest等，前两者以命令行操作，虽然借助 MrMTgui 等程序 ...

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“借来还去”法在序列重命名中的应用

高芳銮 2014-4-23 21:38

我国民间流传着这样一则故事： 　　一老农临终时决定 17 头牛作为遗产分给 3 个儿子， 大儿子分得二分之一，二儿子分得三分之一，小儿子分得九分之一，但不能把牛杀掉或卖掉。三个儿子按照老人的要求怎么也不好分。后来一位邻居用“借来还去”法顺利地把17头牛分完了： 先借一头牛，按要求分牛完毕（老大9头， ...

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系统发育树的美化-MEGA篇（By Raindy）

热度 7 高芳銮 2014-3-26 21:27

【絮语】 MEGA作为一款简单易用的系统发育分析软件，近年日趋见于诸多国内外期刊，并慢慢受到大家的认可。对于系统发育树的后期美化，很多初学者往往觉得高深止莫测，也常常深陷于图像处理软件圈中不得其法。其实借助MEGA自带的功能，加上科究必备的Word软件和PDF专业版，足以完成系统发育树的美化处理。本文以基于最 ...

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系统发育树重建规范流程

热度 1 高芳銮 2014-1-21 13:22

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MEGA6 Compute core 图解教程(By Raindy)

热度 1 高芳銮 2013-12-29 16:01

【简介】 MEGA 是时下使用最为广泛的系统发育分析软件之一，因其简单易用，深受广大生物工作者青睐，尤其MEGA5加入支持ML算法以来，更是频频见于各个SCI期刊。但图形化界面的MEGA一次只能运行单次的数据处理，无法完成批量数据分析，故MEGA6发布GUI版的同时，其命令行版Compute Core（CC）也随之发布。 MEGA-CC主要 ...

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基因的选择压力检测及检验图解教程（By Raindy）

高芳銮 2013-12-2 09:45

【絮语】 　　对于基因选择压力的检测，Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)可能是第一反应的分析工具，但PAML的操作令不少初学者望而却步，快速完成基因的选择压力分析，推荐使用一个在线服务器Adaptive Evolution Server。 【关键】 　　将序列基于密码子比对后，提交序列 ...

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实例图解简并引物设计（By Raindy）

热度 1 高芳銮 2013-10-29 21:34

【絮语】 　　设计一对合适的引物是PCR扩增目的基因成功的关键，但许多人往往过度依赖 Primer Premier（以下简称PP）或Oligo 等引物设计软件，有时候引物没设计成，却身陷软件之中无法自拔。其实，不论特异性引物或简并引物，只要掌握了几个关键点，手动也可以设计出一对好引物。如果不是大批量设计引物或设计复杂的引 ...

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贝叶斯法重建系统发育关系

高芳銮 2013-9-19 15:20

不多言，直接上图和附件，分享给有需要的科学网战友。 相关软件及教程，可以访问我的网盘下载：http://raindy.ys168.com 本文首发于本人QQ空间(http://user.qzone.qq.com/58001704)，转载烦请保留作者信息，谢谢！ 建树过程中，如果任何问题，欢迎加入生物软件群（群号：323809849）交流！ ...

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山西全境马铃薯致病疫霉采样实录（历时9天、行程2800公里）

热度 1 高芳銮 2013-8-17 11:40

2013年8月6日至2013年8月14日期间，对山西省6市（大同市、朔州市、忻州市、长治市、临汾市和吕梁市）下属的13个县区（大同县南郊区、广灵县、天镇县、左云县、怀仁县、五台县、武乡县、沁源县、蒲县、岚县、静乐县、宁武县和五寨县）的马铃薯病害发生情况进行了定点调查，历时9天，行程2800公里，共采集马铃薯晚疫病样品 ...

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