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图解核苷酸替代模型的选择 - ModelFinder篇(简明版)

已有 4996 次阅读 2018-1-29 13:19 |个人分类:软件教程|系统分类:科研笔记

絮语:
       替代模型的选择是进行最大似然(ML)和贝叶斯(BI)分析前不可获缺的一个重要阶段。对于核酸苷替代模型的选择,常见的MrMTGUI(MrModelTest/ModelTest)配置复杂,不易操作;jModelTest 支持界面操作,但是系统资源杀手。在大数据面前,这两款软件只能望洋兴叹,因而IQ-Tree软件中的ModelFinder自然成了首选,最大的特点就是快、很快、超级快,重点的内容说三遍。除外,它支持的数据类型除了核苷酸(含Codon)和氨基酸外,还能支持离散数据(包括二进制、形态数据等)。
       本地版下载地址:http://www.iqtree.org/#downloa
       在线服务器地址:http://iqtree.cibiv.univie.ac.at/

Step 1. 序列准备    
       推荐序列格式为Phylip,可以使用EasyCodeML的序列转换器转换为*.phy 格式备用,也可以直接使用FASTA格式,IQ-Tree会自动转为Phylip格式;


Step 2. 下载程序    
       根据操作系统和CPU配置,选择相应的版本,目前多数计算机为多核CPU的,因此可以下载MultiCores版,释放到任意目录,推荐英文路径。


Step 3. 启动程序    
       Windows下通过CMD命令切换,Mac系统可以通过终端启动,直接拖放操作(将iqtree-omp拖入)如下图:



Step 4. 模型选择  
        IQ-tree可以根据分析目的,通过不同命令操作,本例仅演示只选择模型不建树,其命令格式为iqtree -s seqname.phy -m MF -nt AUTO
注:
       这里的-s 参数对应的是序列文件;
       -m 参数默认使用ModelFinder选模型,也可使用jModeltest或ProtTest,只需可将MF改为TEST即可;
       -nt对应的是CPU线程数,根据硬件配置修改(如:4线程,将AUTO改为4即可),也可以使用AUTO交给程序来选择 ....
Step 5. 结果解读  
       程序运行完成后,会在序列所在目录生成多个文件,可以打开其中日志log文件,ModelFinder会根据不同标准推荐最佳模型,而ModelFinder默认推荐使用BIC标准。
       如下图,AIC标准最佳模型为GTR+G模型

延伸阅读

       Kalyaanamoorthy S, et al, 2017. ModelFinder: fast model selection for accurate phylogenetic estimates. Nature Methods 14:587-589.




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