絮语：
       替代模型的选择是进行最大似然（ML）和贝叶斯（BI）分析前不可获缺的一个重要阶段。对于核酸苷替代模型的选择，常见的MrMTGUI（MrModelTest/ModelTest）配置复杂，不易操作；jModelTest 支持界面操作，但是系统资源杀手。在大数据面前，这两款软件只能望洋兴叹，因而IQ-Tree软件中的ModelFinder自然成了首选，最大的特点就是快、很快、超级快，重点的内容说三遍。除外，它支持的数据类型除了核苷酸（含Codon）和氨基酸外，还能支持离散数据（包括二进制、形态数据等）。
       本地版下载地址：http://www.iqtree.org/#downloa
       在线服务器地址：http://iqtree.cibiv.univie.ac.at/

Step 1. 序列准备    
       推荐序列格式为Phylip，可以使用EasyCodeML的序列转换器转换为*.phy 格式备用，也可以直接使用FASTA格式，IQ-Tree会自动转为Phylip格式；


Step 2. 下载程序    
       根据操作系统和CPU配置，选择相应的版本，目前多数计算机为多核CPU的，因此可以下载MultiCores版，释放到任意目录，推荐英文路径。


Step 3. 启动程序    
       Windows下通过CMD命令切换，Mac系统可以通过终端启动，直接拖放操作（将iqtree-omp拖入）如下图：



Step 4. 模型选择  
        IQ-tree可以根据分析目的，通过不同命令操作，本例仅演示只选择模型不建树，其命令格式为iqtree -s seqname.phy -m MF -nt AUTOStep 5. 结果解读  
       程序运行完成后，会在序列所在目录生成多个文件，可以打开其中日志log文件，ModelFinder会根据不同标准推荐最佳模型，而ModelFinder默认推荐使用BIC标准。
       如下图，AIC标准最佳模型为GTR+G模型

       Kalyaanamoorthy S, et al, 2017. ModelFinder: fast model selection for accurate phylogenetic estimates. Nature Methods 14:587-589.