室内空气微生物的时空分布比大气中微生物分布更加复杂，因为微小环境中，各种因素对空气微生物的影响都会产生决定性的影响。此外，室内小环境的种类繁多，大小不一，其内人员活动也千差万别。因此，室内空气微生物与室外比有其特异性。

空气中微生物质量的好坏往往以细菌总数指标来衡量，一般情况下空气中的细菌总数越高，存在致病性微生物（细菌、真菌、病毒）的可能性越高，可使人感染而致病。

很多因素影响室内空气中细菌数量，如房间大小、室内人员多少、通风换气情况、采光、室内温度、湿度、灰尘含量、周围环境等。保空服务是一个系统性的工作，因此，室内细菌总数根据上述情况值变化较大。

苏联学者提出夏季室内空气中细菌总数≥2500CFU/m3为污染空气。

香港室内空气质量标准规定，空气质量十分良好时空气中细菌总数应小于500CFU/m3，室内空气质量能保证大众健康时，空气中细菌总数应小于1000CFU/m3。

我国公共场所卫生标准中对旅店业室内空气中细菌总数作出规定，采用撞击法采样时，普通旅店、招待所应小于2500CFU/m3。

第二军医大学等单位对我国人防工事空气中微生物进行了深入研究并提出了细菌卫生标准。

采用撞击法采样时，作为医院的人防工事空气中细菌总数应小于1500CFU/m3，作为招待所、商场、俱乐部、影剧院、游乐场、地铁车站等应小于4000CFU/m3。
 
自然情况下，人类呼吸道传染病绝大部分是在室内传播感染的，致病菌在室内的空气传播感染是个最重要的研究内容。如果说室外空气徽生物对动物和植物的作用比较常见，那么室内空气微生物对于人类卫生保健的影响就更为重要。