Guangcun's Blog分享 http://blog.sciencenet.cn/u/gcshan 哥伦比亚大学访问学者,香港城市大学校董 (2011-2012)

博文

p4vasp on Linux

已有 6213 次阅读 2014-3-6 22:43 |个人分类:科学札记|系统分类:科研笔记| p4vasp


p4vasp0.2.0發展到目前的0.3.9除了可以讀POSCARCONTCAR以視覺化分子結構之外,更可以xml格式的vasprun.xml的輸出檔,以分析DOSband structure等。

首先介绍一下安装环境,
Linux系统:openSUSE 11.0 (x86_64)
P4vasp的安装需要的软件环境还不少。
Required packages (SuSE 8.1):

 package:          version:

Required:
 python             2.x.x
 python-gtk         1.5.x
 fltk               1.x

 OpenGL:
 mesasoft           4.0.3
 mesaglu            4.0.3

 GTK:
 gtk                1.2.10
 libglade           0.16

Required for compiling:
 gcc
 python-devel       2.2.1
 mesa-devel         4.0.3
 mesaglu-devel      4.0.3
 mesaglut-devel     4.0.3
 fltk-devel         1.1.0
 swig             >=1.3.16
从p4vasp的网站上下载 http://cms.mpi.univie.ac.at/odubay/p4vasp_site/download.php?list.2

再讲讲编译过程,编译过程很简单,但是需要现把软件环境建立好。

Required的软件除了mesasoft和mesaglu都是可以用YAST直接安装的。我没有在32位的系统上试过,但是对于64位系统来说,就是用不了,网站上提供的RPM包我都试过,真的不行。所以我下面说的都是如果编译。

接着让我们看
Required for compiling部分的软件,gcc采用系统自带的opensuse11带的gcc是4.3版本
python-devel、
fltk-devel、swig可采用光盘中的软件包,使用YAST安装,版本分别为(2.5)、(1.18)、(1.3.35)。
mesa-devel mesaglu-devel mesaglut-devel3个软件可以从http://www.mesa3d.org/下载,我选择的版本是7.0.4
对于
mesa也有软件环境要求,

The following are required for DRI-based hardware acceleration with Mesa 7.3:  

  • dri2proto version 1.99.3 or later  

  • Linux 2.6.28  

  • libDRM  version 2.4.3 or later  

  • Xorg server version 1.5 or later  

好在网站上有提供连接地址,安装起来也不费时。

另外还有一个软件叫pygtk也需要安装,至少需要2.0版本。没有这个P4vasp装好也不干活,
软件安装要求如下:
Requirements
============
 * C compiler (GCC and MSVC supported)
 * Python 2.3.5 or higher
 * Glib 2.8.0 or higher
 * Gtk+ 2.8.0 or higher (optional)
 * libglade 2.5.0 or higher (optional)
 * pycairo 0.5.0 or higher (optional)
 * Numeric (optional)
optional的应该可以不用安装,不过我还是都给装上了。安装的pygtk版本为2.7.4,之所以没选择最新的版本是担心出现兼容问题。我测试过最新的2.12.1版,编译时通不过,不过也不排除是本人的问题。还有一个软件叫pygobject-2.12.3我也在编译pygtk之前安装了,但现在想不起来到底有什么用,为了保证准确记录我的安装过程,先写在这里吧。如果需要的话就到网站上下载安装。

最后就到了安装P4vasp的时候了。
0) Uninstall the old version (as root):
                       bash /usr/lib/p4vasp/uninstall.sh
1) unpack the file:     tar -xvzf p4vasp-x.x.x.tgz
2) change directory:    cd p4vasp-x.x.x
3) build:               make
4) install (as root):   make install
我安装的版本是v0.3.9,安装过程很顺利。没有出现问题。
但安装结束后运行p4v时没有显现程序界面,问题出在64位系统上。网上有个日志也记录了同样的问题。有兴趣可以看看。
http://wsunccake.spaces.live.com/blog/cns!AB8DB0BB93B43420!181.entry
这是SuSE 的64位版本造成的问题,p4vasp的文件都会存放在/usr/lib/python2.x/site-packages文件夹中,但由于是x86_64,所以可以把该路径下的文件全部拷贝到/usr/lib64/python2.x/site-packages下才能正常运行,要不然就无法开启。
只要把
_cp4vasp.socp4vasp.pyp4vasp/usr/lib/python2.x/site-packages移到
/usr/lib64/python2.x/site-packages下即可


另外,再把遇到的问题也一并记录下来。

p4vasp尝试编译了3个版本,
p4vasp v0.3.13
会出现
cp4vasp_wrap.cpp:43952: error: invalid conversion from ‘const char*’ to ‘char*’
错误,无法继续编译。原因不明。
p4vasp v0.3.11
编译可以通过,但看不到程序界面。以上两个的问题可能是由于编译器版本的关系,在其他系统环境下应该可以正常编译使用。

以上就是安装的过程,希望能为尝试编译p4vasp的朋友提供些帮助。




http://blog.sciencenet.cn/blog-417402-773708.html

上一篇:单机4核 32位vasp并行安装
下一篇:Unpacking *.tgz files command

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...
扫一扫,分享此博文

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2020-8-13 00:10

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部