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组学大数据定义肝癌尿素循环失活新亚型
古槿 2021-9-26 16:34
标题:组学大数据定义肝癌尿素循环失活新亚型 组学大数据正在推动恶性肿瘤等重大疾病研究模式的变革,希望从分子水平重新定义肿瘤分型、发现新的治疗靶点。国际上多个国家都先后启动了癌症基因组研究计划,形成了国际癌症基因组联盟( International Cancer Genome Consortium ,简称 ICGC )等多个国际性研 ...
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肿瘤免疫微环境的空间异质性:单细胞组学分析发现肿瘤边界区富集的T细胞亚群可预测肝癌患者预后
古槿 2020-5-23 01:18
肿瘤免疫微环境 空间异质性 :单细胞组学分析发现肿瘤边界区富集的 T 细胞亚群可预测肝癌患者预后 导言:肿瘤边界区域是免疫细胞与肿瘤激烈战斗的前线,通过比较肿瘤边界区免疫微环境与癌旁区域、肿瘤内部区域免疫细胞亚群的变化,发现 CD4 、 CD8 双阳性 T 细胞( CD45R ...
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基于变分自编码器的单细胞转录组低维表示与可视化
古槿 2018-12-28 14:31
近年来,单细胞RNA测序技术(scRNA-seq)的迅速发展使得研究人员能够在单细胞层次上研究生物系统的转录异质性,这种信息通常难以通过传统的组学数据获得。然而,在单细胞层次上,转录组的随机波动会远远大于细胞群体的平均行为,另一方面,单个细胞的RNA总量极低,使得其准确测量极具挑战,因此目前的单细胞测序数据存在很大 ...
个人分类: 科研笔记|2703 次阅读|没有评论
HCCDB--打造一站式检索的肝癌基因表达图谱
古槿 2018-7-24 09:39
HCCDB--打造一站式检索的肝癌基因表达图谱 1、大规模肝细胞癌(HCC)基因表达图谱发布,包含近四千例临床样本基因表达数据。 2、克服可重复性难题,建立HCC一致差异表达图谱。分析表明,在HCC中发生一致下调的基因集中在代谢通路、脂肪酸降解等通路,一致高表达的集中在细胞周期相关的通路。 3 ...
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SCRL:单细胞转录组数据的表示学习
热度 3 古槿 2017-8-19 23:55
SCRL :单细胞转录组数据的表示学习 单细胞转录组数据为我们进行细胞异质性的研究提供了强有力的工具,在处理这样一个高维的数据时,一个常用的策略是将这些细胞投影到低维的空间上。但是,与传统的 转录组测序相比,单细胞测序技术噪声很大,使得单细胞转录组数据包含大量的 dropout 事件(导致基因表达量为 0 ...
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斐特1区112(1~4)
古槿 2017-4-20 12:02
20170413 某序: 吃完晚饭,洗了碗,擦干净台面,再拧干洗碗布在厨房墙上挂好。从厨房推拉门出来,都都像往常一样儿童垫上玩,扫了一眼空调上的钟,已经快到八点半了。匆匆拿起杯子喝了口水,再拿起水瓶给灌满,拧好盖子,“都啦都,爸爸现在去趟学校啊。”“爸爸,你要去哪里啊?”“学校,跟哥哥姐姐们开个会,一会就回 ...
个人分类: 生活感悟|2453 次阅读|没有评论
当肿瘤遭遇“信息泄露”
热度 3 古槿 2016-12-23 10:57
“外”如探测浩瀚的宇宙,“内”如揭示人体细胞的奥秘,海量的信息必将改变人类社会、改变人类自己。 人类已经逐步进入信息爆炸的时代,各种个人信息、网络行为、生活习惯,甚至各种所谓的隐私、银行账号密码等“机密”信息均无法避免遭遇各种泄露门、监控门事件。肿瘤这个邪恶的幽灵隐藏在体内,时刻准备攫取资源来扩 ...
个人分类: 科研笔记|4933 次阅读|4 个评论 热度 3
极具潜力的癌症分子标志物:DNA甲基化
热度 1 古槿 2016-11-3 13:48
极具潜力的癌症分子标志物:DNA 甲基化 临床上,原发性肝细胞癌(hepatocellularcarcinoma )目前仅有两个常用的分子标志物AFP (甲胎蛋白)和SF (铁蛋白),均是上世纪60 、70 年代发现的。在找肝癌分子标志物的相关研究中,很大一部分都是找基于遗传物质的分子标志物,但是很难将这些分子标志物与临床的 ...
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交叉学科生物信息学的三类研究
热度 3 古槿 2016-9-5 09:01
搞交叉学科研究不易,常在传统学科中间受夹板气。一个“学科”界定清楚自己的内涵和外延是非常重要的,今天秋高气爽,步行到地铁站上班的途中,对生物信息学的研究有一点想法,先记下来,日后再加以完善。 第零类 (新增):基础的数据处理方法与理论。这其实是生物信息学最早的定义之一。如经典的序列比对算法,Smit ...
个人分类: 科研笔记|4023 次阅读|3 个评论 热度 3

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