feixue分享 http://blog.sciencenet.cn/u/lq102021

博文

一个简单适用的小程序

已有 2203 次阅读 2014-9-2 16:06 |个人分类:程序|系统分类:科研笔记|关键词:程序| 程序

举例:根据File:1文件中的名字提取File:2中同名的基因序列。

File:1 ####是一个基因名字的文件####

Ugene0073824

Ugene0113607

Ugene0047940

Ugene0082186

Ugene0112679

File:2 #### 是一个fasta 文件####

>Ugene0113607

AACGGTTAAAAAACAACTAAAAAGTTTTTCATTAGGTGTTTTTAAATTTCAAAAAAGGTC

ATCATTTTTAAGTTACCATTTTCTTTTTCTTTTAGAACTCAAAAGGCTGGTAGCTGAGAT

CGTCTTTCTCCGGTTTCCACATTGTTTTTGTTTTTCGCAGTTAATACAAGATGGCTGATG

GTGAGGATATTCAACCACTTGTCTGCGACAATGGAACTGGAATGGTCAAG

... ...

>Ugene0047939

GACATAAGATCCTTTTTTGCAATTACATTTAGTTTTTAAACTTCATAACTTGGAGTTATA

GCTTTATTTTATTTTCCCTTCTTCTTCTGGGTAAAATTGGTGTCATAGTTCTTTGGTTAA

TTTCATTAAGACTGCATCTGGTTTTTAACTTAAACTTCAAGTAACAGCAACCCTGTTGTC

AGGCACAAAATGACAAGGGATTTGA

>Ugene0047940

AACGGTTAAAAAACAACTAAAAAGTTTTTCATTAGGTGTTTTTAAATTTCAAAAAAGGTC

ATCATTTTTAAGTTACCATTTTCTTTTTCTTTTAGAACTCAAAAGGCTGGTAGCTGAGAT

CGTCTTTCTCCGGTTTCCACATTGTTTTTGTTTTTCGCAGTTAATACAAGATGGCTGATG

GTGAGGATATTCAACCACTTGTCTGCGACAATGGAACTGGAATGGTCAAG

>Ugene0000002

GACATAAGATCCTTTTTTGCAATTACATTTAGTTTTTAAACTTCATAACTTGGAGTTATA

GCTTTATTTTATTTTCCCTTCTTCTTCTGGGTAAAATTGGTGTCATAGTTCTTTGGTTAA

TTTCATTAAGACTGCATCTGGTTTTTAACTTAAACTTCAAGTAACAGCAACCCTGTTGTC

AGGCACAAAATGACAAGGGATTTGA

Perl program:####sequence.pl####

#!/usr/bin/perl -w

open $in1,"<File1" or die;

open $in2,"<File2" or die;

while($input1=<$in1>){

if($input1=~m/>(\w+)/) {$a=$1;}

$b{$a}.=$input1;

}

while($input2=<$in2>){

if ($input2=~m/(\w+)/){$d.=$b{$1};}

}

print "$d";


上面可能显示不正常了,下面图片显示正常:

将该程序文件输入命令行中,如 $:sequence.pl > 路径out.txt 就可以得到结果。虽然写的很烂,但很实用。



http://blog.sciencenet.cn/blog-394157-824354.html

上一篇:关于2012年度教育部“新世纪优秀人才支持计划”入选名单的公示
下一篇:又一年毕业季,且看某高校对毕业生的要求

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备14006957 )

GMT+8, 2020-1-18 19:31

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部