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lammps 在Ubuntu 16.04LTS服务器并行安装—— ATC 扩展包的安装

已有 1219 次阅读 2019-10-12 09:36 |个人分类:工作记录|系统分类:科研笔记| lammps 安装, atc包, 并行


假装所有的依赖包都没有安装,那么在root权限下输入下面的命令:

apt-get install gcc

apt-get install g++

apt-get install mpi-default-*

apt-get install libfftw3*

apt-get install gfortran

即可把这些包都安装好。


解压缩 lammps源程序: 

tar -xvf lammps-stable.tar.gz


首先进入 lammps-11Aug17/lib/linalg 目录:

cd lammps-11Aug17/lib/linalg/


运行命令:

make -f Makefile.gfortran


即可生成  liblinalg.a  文件,以备后用。


在 lammps-11Aug17/src 目录内预编译:

make lib-atc

make lib-atc args="-m mpi"


编译成功在最后都会显示:Build was successful

编译成功后,会在目录lammps-11Aug17/lib/atc 内生成两个文件:libatc.a   和  Makefile.lammps

这个Makefile.lammps  里面有 ATC 所需要的信息。


cd lammps-11Aug17/src/MAKE/MACHINES


把Makefile.ubuntu复制到 src/MAKE 目录下:

cp Makefile.ubuntu ../


可以看到此时 lammps-11Aug17/src/MAKE目录下有下面三个Makefile文件:

Makefile.mpi  Makefile.serial  Makefile.ubuntu


把lammps-11Aug17/lib/atc/Makefile.lammps 的信息添加到  Makefile.ubuntu 内

如下:


# Settings that the LAMMPS build will import when this package library is used


user-atc_SYSINC =

user-atc_SYSLIB = -llinalg -lgfortran

user-atc_SYSPATH = -L../../lib/linalg$(LIBOBJDIR)  



同时,的ubuntu服务器不需要输出图片,因此在目录 lammps-11Aug17/src/MAKE 内的Makefile.ubuntu 里把 jpg 有关的行都注释掉,否则后面的安装会出问题。如下,灰色背景的部分删掉:

#############################################################################

# LAMMPS ifdef settings

# see possible settings in Section 2.2 (step 4) of manual

LMP_INC =       -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_JPEG -DLAMMPS_PNG-DLAMMPS_FFMPEG


*******************************************************************************************

# LIB = name(s) of JPEG library and/or PNG library


JPG_INC =

JPG_PATH =

JPG_LIB = -ljpeg -lpng


*******************************************************************************************

EXTRA_INC = $(LMP_INC)  $(PKG_INC) $(MPI_INC) $(FFT_INC) $(JPG_INC) $(PKG_SYSINC)

EXTRA_PATH = $(PKG_PATH) $(MPI_PATH) $(FFT_PATH) $(JPG_PATH) $(PKG_SYSPATH)

EXTRA_LIB = $(PKG_LIB) $(MPI_LIB) $(FFT_LIB)  $(JPG_LIB)  $(PKG_SYSLIB)

EXTRA_CPP_DEPENDS = $(PKG_CPP_DEPENDS)

EXTRA_LINK_DEPENDS = $(PKG_LINK_DEPENDS)


#############################################################################



到lammps-11Aug17/src/目录下执行:

make package-status

查看有哪些包是yes态和no态;yes表示安装,no表示不安装。用make yes-包名或make no-包名, 加载/取消你安装的包。选择自己必要的包就行了,特别注意,选择了需要的包,也得跟自己的电脑支持情况对应。

我的选择有:

make no-REAX

make no-GPU

make no-MEAM

make no-USER-SMD

make yes-KSPACE

make yes-MOLECULE

make yes-RIGID

make yes-USER-REAXC

make yes-USER-MISC


make yes-USER-ATC


再查看是否yes了

make package-status


 make ubuntu


命令,等待安装,经过漫长的安装过程之后,屏幕提示生成 lmp_ubuntu ,即安装好了。

此文件在目录lammps-11Aug17/src 内。


并把lmp_ubuntu复制到目录:/usr/local/bin 内

cp lmp_ubuntu /usr/local/bin


安装完成后设置环境变量

sudo vim /etc/profile


#在文件最下面加入如下内容

export PATH=/usr/local/bin:$PATH


#保存关闭文件后执行:

source /etc/profile


那么并行版的lammps就安装好了,安装目录在/usr/local/bin

在其他目录下可以直接输入  lmp_ubuntu 的后续命令了。


which  lmp_ubuntu

结果显示:

/usr/local/bin/lmp_ubuntu


成功了。






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