Gromacs 有机溶剂模拟 学习笔记（一）

薛堪豪 2014-7-3 02:06

初学 Gromacs，觉得其手册非常难懂，幸好有同学帮忙。感谢 Deng Yue 和 Matias 的帮助。 Gromacs 的设计理念应该是为了方便生物大分子的模拟，而我则需要用它来模拟有机溶剂。 第一次运行的操作笔记 目的：建立两种有机溶剂的混合溶液，这里以 DMSO 和 DME 为例 操作方法： Step 1: 先 ...

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VASP 与 Siesta 晶体结构格式互换

薛堪豪 2014-6-28 00:58

如果手动进行 VASP 与 Siesta 之间的坐标转换，面临两个较麻烦的手续： （1）VASP 的 POSCAR 中，每个原子坐标后面一般没有元素的标识（1,2 ...） （2）Siesta 的 fdf 文件中，各个原子未必是按照元素次序排列的。并且还需要统计各个元素分别有多少个原子。 为了提高效率，我就写两个 Python 小程序以便在 Linux 下进 ...

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三线共点, 线面夹角公式

薛堪豪 2014-3-30 21:31

设三斜晶系的基矢为 , , 三个夹角为 , , . 其中是 是 和 的夹角, 其余以此类推. 则 与 , 张成的平面的夹角为 此公式对于求解三斜和单斜晶系有用.

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ASP.NET 4.0 版本一个务实的改进

薛堪豪 2014-2-20 04:51

ASP.NET 2.0 版本开始支持母版（MasterPage），这个对网站全站设计带来很大方便，也是顺理成章的一个新功能。 然而使用 MasterPage 有一点让人不爽：文本框等表单控件的 id 和 name 属性在前台 HTML 中会被 ASP.NET 加上很多“垃圾内容”。比如最简单的一个例子－要求输入用户名的文本框 asp:TextBox ID=us ...

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Zotero 自定义文献格式

薛堪豪 2014-2-18 19:13

Zotero 对于写论文而言真是个好东西，它不仅支持鼠标一次点击就可以从网页上下载全部文献的信息，而且还是免费的！我目前使用的体会是：Zotero 在数据层非常出色，但是在表现层还不够完善。如果用网页的语言，Zotero 这样的软件其实是用 XML 数据转换 XSLT，而其 XSLT 部分还不尽完善。官方提供各种杂志的引文格式下载： ...

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Siesta计算禁带宽度

薛堪豪 2013-12-11 00:32

Siesta 把能量本征值存储在 *.EIG 文件中，但这个文件本身不太适合各种数据处理软件读取。 Siesta 将“费米能级”写在 *.EIG 文件的第一行。但对于半导体和绝缘体，这个“费米能级”是按照禁带中心取的，并非像 VASP 一样取在价带顶。 正确地计算半导体和绝缘体的禁带宽度，需要在输入文件中设置一些特殊的K点（高 ...

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[晶体结构系列科普之三] 十四种布拉菲格子释疑 (一)

热度 1 薛堪豪 2013-3-21 01:29

布拉菲格子是反映晶体平移对称性的一种抽象的点阵, 它不应当与具体的晶体结构相混淆. 比如: 金刚石结构的布拉菲格子是面心立方, 但它本身并不是面心立方结构. 再比如说钛酸铋 (Bi 4 Ti 3 O 12 ) 在常温下的结构 (空间群 B 1 a 1), 其布拉菲格子属于简单单斜 (也有人认为属于正交晶系, 但光学实验证明其属于单斜 ...

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[晶体结构系列科普之二] 面心立方与密排六方有何区别?

热度 2 薛堪豪 2013-3-13 23:56

做材料实验的人都知道, 溅射 (或物理气相淀积, PVD) 方法生长的金属 Pt 沿着 晶向生长. 即便刚溅好的片子晶化不是很明显, 但一经退火以后, 做 X 射线衍射就出现强烈的 峰. 偶尔有些 的峰, 会被认为电极长得不完美. 为什么 Pt 电极容易沿着 方向生长呢? 还需要从密堆积谈起. 大家都知道, 从几何上讲, 同等大小 ...

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