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第二版芝麻基因组发布,挂载达到染色体数目水平

已有 1945 次阅读 2016-1-9 20:03 |个人分类:未分类|系统分类:科研笔记

2014年中国农业科学院油料作物研究所联合华大基因、合肥燕庄油脂有限公司在国际上首次发布芝麻基因组图谱后,近日中国农业科学院油料作物研究所与华大农业携手,对芝麻基因组进行挂载升级,成功组装达到13个大分子,使组装的基因组在国际上首次达到与芝麻染色体数目水平。

据了解,中国农业科学院油料作物研究所近年来在芝麻基因组和后基因组研究方面取得了较大进展,20141月其发布了第一个芝麻基因组图谱(发表在Genome Biology),201510月完成了705份芝麻全基因组重测序(发表在Nature Communication)。这次其与华大农业合作,通过对构建的430个重组自交系(RIL)群体RAD (Restriction-site associated DNA tags)测序分析,构建了一张高密度连锁图,将第一版组装的基因组(16个大分子)较为完美地挂载到13个大分子上,正好达到芝麻细胞染色体对数水平,在BMC Genomics上发布了第二版芝麻基因组(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26732604)。这为新图谱构建和对比、基因定位、比较基因组学等研究提供了必要的基础平台,也使芝麻成为继拟南芥、水稻等物种后少有的几个测序组装达到染色体对数水平的物种之一。

该研究利用新构建的图谱和新组装的基因组对芝麻株高性状、籽粒颜色性状QTL进行了分析,定位到41个株高相关性状位点和9个芝麻籽粒颜色位点,特别是首次定位到一个芝麻半矮杆QTL,为解析“芝麻开花节节高”的分子机制奠定了基础。




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