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钱胜
5月18日下午3点,生命科学与技术学院第25期“分子生物学前沿论坛”以“空中学术讲座”的方式举行,邀请到中科院遗传与发育生物学研究所钱文峰研究员通过视频会议的方式做了题为“翻译过程中核糖体碰撞”的学术报告。150多人在线上参与了此次活动。
钱文峰研究员首先讲述了他们课题组密码子偏好(codon usage bias)的研究工作。鉴于之前的同义突变体研究方法的通量不高,他们开发了新的手段,合成了一系列的同义密码子变异的片段,构建酵母文库,结合二代测序的方式,测得不同片段的RNA表达量,同时测定这些片段的DNA量作为校正,获得了带有不同同义突变的片段表达量。结果显示偏好密码子越多,其表达量也越高,且密码子偏好程度与mRNA的表达量也成正相关。同时,他们也关注到部分片段存在相反的趋势。进一步研究发现,同义突变虽然不影响翻译的蛋白质序列,但会改变mRNA的二级结构,进而影响mRNA的稳定性,最终也会对mRNA的丰度产生影响。为了系统的研究单个密码子对mRNA表达的影响,他们选取了只存在一个同义突变的不同片段,统计发现偏好密码子存在的片段具有更高的表达量,一个密码子周围的其他密码子也会对该密码子的表达产生影响,并且偏好密码子或者非偏好的密码子在酵母基因组中存在聚集成簇的现象。
在报告的第二部分,钱文峰研究员介绍了借助新兴的Ribo-seq和他们实验室开发的Disome-seq研究核糖体翻译延伸过程的工作。结果显示核糖体碰撞广泛存在于正常生长条件下的酵母中,并且验证了他们开发的Disome-seq技术可以用来在基因组水平高通量地检测核糖体碰撞。
在报告结束后的学术交流环节,师生们就核糖体停滞的机制、密码子偏好的规律等问题进行了探讨。钱文峰研究员对观众们提出的问题以及华农的学术氛围表示钦佩。最后,本次会议在热烈的交流中结束。
【人物简介】
钱文峰,博士,中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员,博士生导师。研究内容包括生物学大数据的产生及其解读。研究目标是通过高通量实验方法与相应的计算生物学手段认识遗传与进化的基本过程。如通过ribo-seq等方法检测细胞内核糖体在mRNA上的分配与分布,试图理解翻译对生长与发育过程的调控作用、机制与进化。
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GMT+8, 2024-4-24 15:26
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