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Gromacs 4.0.7并行 含QM/MM功能安装
热度 1 袁曙光 2010-4-11 04:17
Gromacs 4.0.7并行带QM/MM安装 平台 SUSE Linux Enterprise Desktop 10 SP3 gcc4.1.2 mpich2-1.2.1p1 ifrot 10.1 fftw 3.2.2 解压缩mpich2-1.2.1p1.tar.gz进入此目录,运行: ./configure make make install 运行 touch /etc/mpd.conf ...
个人分类: 科研笔记|8529 次阅读|3 个评论 热度 1
Energy minization in MOE
袁曙光 2010-3-29 17:28
From MOE Manual The Energy Minimize application in MOE calculates atomic coordinates that are local minima of a molecular energy function. Energy minimization is useful for molecule building, determining low energy conformations, conformational search and preparation for molecul ...
个人分类: 好文转载|4958 次阅读|没有评论
药物设计流程图
袁曙光 2010-3-22 00:58
前段时间集中听了几场药物设计的报告,把药物设计的一个大概流程整理了一下,制作成流程图梳理如下
个人分类: Linux相关|8059 次阅读|没有评论
MOE Pharmacophore Search
袁曙光 2010-3-9 04:59
药效团 (pharmacophore) 药物分子与受体靶点发生作用时,要与靶点产生几何匹配和能量匹配的活性构象。药物化学家发现,药物分子中的基团对于活性的影响不同,有些基团的变化对药物与靶点之间的相互作用影响很大,有些则影响不大。对于这种差异的研究,人们发现具有相同活性的分子往往具有 ...
个人分类: 科研笔记|7751 次阅读|没有评论
你的模型可靠吗?---明明白白我的模型 Molprobity
袁曙光 2010-3-2 05:06
之前发表两篇同源建模的帖子,这里和大家一起分享模型检测的方法,Molprobity。Molprobity是个在线模型分析工具,地址为: http://molprobity.biochem.duke.edu/index.php 几乎所有的蛋白结构在发表之前都会经过这个工具检测,目前成为结构生物学中一个比较全面的蛋白结构检测工具。 步 ...
个人分类: 科研笔记|13034 次阅读|1 个评论

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