博文

分子动力学攻略（ZZ）

2009-12-4 04:19

动力学系列之一（gromacs） ###################################################### # Process protein files step by step # ###################################################### pdb2gmx -f 2th_cap.pdb -o 2th_cap.gro -p 2th_cap.top -ignh -ter nedit 2th_cap.top editconf -f 2th_cap.gro -o 2th_cap_bo ...

个人分类: 好文转载|14119 次阅读|2 个评论

同源建模的可靠性

热度 1 2009-12-4 03:40

最近一直在做同源建模，基本上都是在modeller中完成。但我发现不论怎么建模，或者采用何种工具或者方法，都会有很多的和合理性。比如：键长不合理，残基过近接触，氢键的长度不合理，二面角不合理...... 一方面在modeller自己产生模型的时候，可以让它自己作一些MD（自己实践证明，并非MD做得越多越好，采用slow_large作M ...

个人分类: 科研笔记|8648 次阅读|2 个评论 热度 1

本页有 1 篇博文因作者的隐私设置或未通过审核而隐藏