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分享 你的模型可靠吗?---明明白白我的模型 Molprobity
袁曙光 2010-3-2 05:06
之前发表两篇同源建模的帖子,这里和大家一起分享模型检测的方法,Molprobity。Molprobity是个在线模型分析工具,地址为: http://molprobity.biochem.duke.edu/index.php 几乎所有的蛋白结构在发表之前都会经过这个工具检测,目前成为结构生物学中一个比较全面的蛋白结构检测工具。 步 ...
个人分类: 科研笔记|7578 次阅读|1 个评论
分享 模型的侧链优化策略
袁曙光 2009-12-25 23:14
以前对这个问题比较困惑,现在我的观点是(针对docking): 1. 如果要做对接的蛋白是来自已经发表的PDB 尤其是分辨率比较好的PDB文件,没有必要做什么侧链优化。一般X-ray的结构就是它蛋白的真实结构,特别是对分辨率比较好的PDB文件。如果要优化,能优化出什么来呢?难道比真实结构更真实?who believe. 而且:如果对 ...
个人分类: 科研笔记|4425 次阅读|1 个评论
分享 PDB文件详解
袁曙光 2009-12-23 21:29
PDB格式文件对大部分做模拟和计算的人来说都很熟悉,但其中各个参数的意义很多人并不是很了解。从网上搜集了一些文章,结合自己的知识来对PDB文件中各个参数的意义做个解释: REMARK 该记录用来记述结构优化的方法和相关统计数据。如用Refmac进行结构优化,该记录将自动插入输出的PDB。 CRYST1 (NMR除外) 该记录 ...
个人分类: 科研笔记|8630 次阅读|没有评论
分享 Modeling 中的“氢”,你注意了吗?
袁曙光 2009-12-20 17:07
在建模或者docking过程中,氢原子特别是非极性的氢原子往往不被大家所考虑,因为很多人认为蛋白的骨架确定了,这些氢的位置也就确定了,没必要去考虑。以前我也这么想,没有太多地去管它。但最近处理最近的课题的时候,让我改变了这个看法。 由于建模后的模型要用来做分子对接,所以对活性位点口袋残基测链 ...
个人分类: 科研笔记|3138 次阅读|没有评论
分享 推荐一个非常专业的PDB分子显示软件:Chimera
热度 4 袁曙光 2009-12-17 04:03
大家对于PDB等格式的分子显示都习惯用Pymol,因为pymol比较简单,容易上手。呵呵,符合现代人懒惰的思想。虽然这样懒惰的操作也可以绘制出不错的图片,但看了chimera的作图效果后,一定会让不少人感到惭愧。 以下内容来自Chimera官方网站: http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ Chimera当前最新版本是1.4,支持的平台 ...
个人分类: 科研笔记|17570 次阅读|2 个评论 热度 4
分享 Docking软件大比拼
热度 2 袁曙光 2009-12-10 03:02
最近一直忙于一些软件的docking测试工具,目的是想了解下到底这些形形色色的对接软件效果如果。当然测试的结构大部分都是和自己课题相关的,基本上都是基于糖作为底物的对接测试,结果以与晶体结构的RMSD来作为衡量标准。先一起回顾下这些docking软件的基本小常识 Glide is a fast and accurate docking program tha ...
个人分类: 科研笔记|13186 次阅读|9 个评论 热度 2
分享 RMSD小常识
袁曙光 2009-12-9 17:14
昨天,和朋友一起讨论同源建模的问题。他告诉我说,建模的结果于模板之间的RMSD是0.347....当时就觉得有点奇怪,他是怎么计算这个数值的。所以这里一起讨论下RMSD 先看看RMSD的计算公式(转自http://en.wikipedia.org/wiki/Root_mean_square_deviation_(bioinformatics)) RMSD(RootMeanSquaredDeviat ...
个人分类: 科研笔记|20571 次阅读|2 个评论
分享 同源建模的优化问题
热度 1 袁曙光 2009-12-4 22:10
貌似很多人都对同源建模的优化感到困惑,我也一样。今天上午跟老板一起讨论下这个问题(因为读博刚进实验室没多久,所以经验不一定很多,所以这里只是和大家一起分享下我们实验室的经验),感觉收获很多。 一般在同源建模的时候,初始的模型是非常重要的,这里大家最常用的工具是modeller或者DS。其中modeller大部分人 ...
个人分类: 科研笔记|8878 次阅读|3 个评论 热度 1
分享 同源建模的可靠性
热度 1 袁曙光 2009-12-4 03:40
最近一直在做同源建模,基本上都是在modeller中完成。但我发现不论怎么建模,或者采用何种工具或者方法,都会有很多的和合理性。比如:键长不合理,残基过近接触,氢键的长度不合理,二面角不合理...... 一方面在modeller自己产生模型的时候,可以让它自己作一些MD(自己实践证明,并非MD做得越多越好,采用slow_large作M ...
个人分类: 科研笔记|6400 次阅读|2 个评论 热度 1

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