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热搜: 科学 论文
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分享 Protein-Protein Docking in Rosetta
热度 2 袁曙光 2010-12-26 11:08
The protein-protein docking workflow in Rosetta could be described as following: 1. Low resolution docking command: docking_protocol.linuxgccrelease @flags docking.log This step will create large number of initial pose e.g. 10,000 for full sampling. To faste ...
个人分类: 科研笔记|4592 次阅读|1 个评论 热度 2
分享 monomer, dimer or tetramer?
袁曙光 2010-10-27 23:12
Dimerand tetramer are often found in crystal structures and this sometimes confuses many people owing to the crystal symmetry in which the smallest subunit of a protein displays. Different structrual biologists have different habits: someone will display the whole mutime ...
个人分类: 科研笔记|3932 次阅读|没有评论
分享 MODELLER 9v8 user manual
袁曙光 2010-7-2 21:20
Andrej ˇSali with help from Ben Webb, M.S. Madhusudhan, Min-Yi Shen, Marc A. Mart?-Renom, Narayanan Eswar, Frank Alber, Maya Topf, Baldomero Oliva, Andr´as Fiser, Roberto S´anchez, Bozidar Yerkovich, Azat Badretdinov, Francisco Melo, John P. Overington, and Eric Feyfant email: modeller-c ...
个人分类: 科研笔记|4193 次阅读|没有评论
分享 One self rendered 3D figure
袁曙光 2010-6-28 12:55
个人分类: 科研笔记|2141 次阅读|2 个评论
分享 Amber11+AmberTools 1.4并行安装
袁曙光 2010-5-28 15:42
系统:SUSE Linux Enterprise 10 Sp3 Desktop X86 编译器:Intel ifort 11.1 Intel MKL 10.2 Intel ICC 11.1 并行工具:mpich2-1.2.1 先安装编译器和并行工具,然后配置编译器环境变量: #Amber11 setenv AMBERHOME /soft/amber11 set path=($AMBERHOME $p ...
个人分类: 科研笔记|4401 次阅读|没有评论
分享 Gromacs 4.0.7并行 含QM/MM功能安装
热度 1 袁曙光 2010-4-11 04:17
Gromacs 4.0.7并行带QM/MM安装 平台 SUSE Linux Enterprise Desktop 10 SP3 gcc4.1.2 mpich2-1.2.1p1 ifrot 10.1 fftw 3.2.2 解压缩mpich2-1.2.1p1.tar.gz进入此目录,运行: ./configure make make install 运行 touch /etc/mpd.conf ...
个人分类: 科研笔记|6944 次阅读|3 个评论 热度 1
分享 MOE Pharmacophore Search
袁曙光 2010-3-9 04:59
药效团 (pharmacophore) 药物分子与受体靶点发生作用时,要与靶点产生几何匹配和能量匹配的活性构象。药物化学家发现,药物分子中的基团对于活性的影响不同,有些基团的变化对药物与靶点之间的相互作用影响很大,有些则影响不大。对于这种差异的研究,人们发现具有相同活性的分子往往具有 ...
个人分类: 科研笔记|4276 次阅读|没有评论

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