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热搜: 科学 论文
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分享 Docking软件大比拼
热度 2 袁曙光 2009-12-10 03:02
最近一直忙于一些软件的docking测试工具,目的是想了解下到底这些形形色色的对接软件效果如果。当然测试的结构大部分都是和自己课题相关的,基本上都是基于糖作为底物的对接测试,结果以与晶体结构的RMSD来作为衡量标准。先一起回顾下这些docking软件的基本小常识 Glide is a fast and accurate docking program tha ...
个人分类: 科研笔记|12118 次阅读|9 个评论 热度 2
分享 RMSD小常识
袁曙光 2009-12-9 17:14
昨天,和朋友一起讨论同源建模的问题。他告诉我说,建模的结果于模板之间的RMSD是0.347....当时就觉得有点奇怪,他是怎么计算这个数值的。所以这里一起讨论下RMSD 先看看RMSD的计算公式(转自http://en.wikipedia.org/wiki/Root_mean_square_deviation_(bioinformatics)) RMSD(RootMeanSquaredDeviat ...
个人分类: 科研笔记|19745 次阅读|2 个评论
分享 同源建模的优化问题
热度 1 袁曙光 2009-12-4 22:10
貌似很多人都对同源建模的优化感到困惑,我也一样。今天上午跟老板一起讨论下这个问题(因为读博刚进实验室没多久,所以经验不一定很多,所以这里只是和大家一起分享下我们实验室的经验),感觉收获很多。 一般在同源建模的时候,初始的模型是非常重要的,这里大家最常用的工具是modeller或者DS。其中modeller大部分人 ...
个人分类: 科研笔记|8061 次阅读|3 个评论 热度 1
分享 分子动力学攻略(ZZ)
袁曙光 2009-12-4 04:19
动力学系列之一(gromacs) ###################################################### # Process protein files step by step # ###################################################### pdb2gmx -f 2th_cap.pdb -o 2th_cap.gro -p 2th_cap.top -ignh -ter nedit 2th_cap.top editconf -f 2th_cap.gro -o 2th_cap_bo ...
个人分类: 好文转载|8940 次阅读|2 个评论
分享 eHiTS分子对接指南zz
热度 1 袁曙光 2009-12-4 04:15
eHiTS是由SimBioSys, Inc.公司开发的用于快速虚拟筛选的分子对接软件,运行平台为Linux,可以并行化运算。对学术用户免费,下载申请表格,填写协议后,传真返回(或者扫描为图片,通过电子邮件返回),可以使用一年。第二年使用可以如上再次申请。 公司主页: http://www.simbiosys.ca/ehits/ 分为以下几个部分: &nb ...
个人分类: 好文转载|5743 次阅读|1 个评论 热度 1
分享 同源建模的可靠性
热度 1 袁曙光 2009-12-4 03:40
最近一直在做同源建模,基本上都是在modeller中完成。但我发现不论怎么建模,或者采用何种工具或者方法,都会有很多的和合理性。比如:键长不合理,残基过近接触,氢键的长度不合理,二面角不合理...... 一方面在modeller自己产生模型的时候,可以让它自己作一些MD(自己实践证明,并非MD做得越多越好,采用slow_large作M ...
个人分类: 科研笔记|6048 次阅读|2 个评论 热度 1

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