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分享 模拟平台,你选哪个?
袁曙光 2010-1-6 03:10
良好的平台,对于做计算而言是不可或缺的条件。所谓良好主要有两方面:一是稳定;二是能很好地支持当前的主流计算软件。目前,几乎所有的模拟软件支持平台最全面的还属Linux,其次是苹果和Unix但相比之下没有Linux全面。而对于专门做计算的专业人员来讲,一般是不大会考虑 ...
个人分类: Linux相关|5511 次阅读|2 个评论
分享 Protein-Protein Docking Summary and Tools
热度 1 袁曙光 2010-1-1 17:09
Wiki about Protein Docking Macromolecular docking From Wikipedia, the free encyclopedia Jump to: navigation , search Macromolecular docking is the computational modelling of the quaternary structure of complexes formed by two or more interac ...
个人分类: 好文转载|16153 次阅读|3 个评论 热度 1
分享 Linux常用命令一览
袁曙光 2009-12-26 02:02
su   su命令是最基本的命令之一,常用于不同用户间切换。例如,如果登录为 user1,要切换为user2,只要用如下命令:   $su user2   然后系统提示输入user2口令,输入正确的口令之后就可以切换到user2。完成之后就可以用exit命令返回到user1。   su命令的常见用法是变成根用户或超级用户。如果发出不带用户名 ...
个人分类: Linux相关|2615 次阅读|没有评论
分享 模型的侧链优化策略
袁曙光 2009-12-25 23:14
以前对这个问题比较困惑,现在我的观点是(针对docking): 1. 如果要做对接的蛋白是来自已经发表的PDB 尤其是分辨率比较好的PDB文件,没有必要做什么侧链优化。一般X-ray的结构就是它蛋白的真实结构,特别是对分辨率比较好的PDB文件。如果要优化,能优化出什么来呢?难道比真实结构更真实?who believe. 而且:如果对 ...
个人分类: 科研笔记|4218 次阅读|1 个评论
分享 PDB文件详解
袁曙光 2009-12-23 21:29
PDB格式文件对大部分做模拟和计算的人来说都很熟悉,但其中各个参数的意义很多人并不是很了解。从网上搜集了一些文章,结合自己的知识来对PDB文件中各个参数的意义做个解释: REMARK 该记录用来记述结构优化的方法和相关统计数据。如用Refmac进行结构优化,该记录将自动插入输出的PDB。 CRYST1 (NMR除外) 该记录 ...
个人分类: 科研笔记|8008 次阅读|没有评论
分享 Modeling 中的“氢”,你注意了吗?
袁曙光 2009-12-20 17:07
在建模或者docking过程中,氢原子特别是非极性的氢原子往往不被大家所考虑,因为很多人认为蛋白的骨架确定了,这些氢的位置也就确定了,没必要去考虑。以前我也这么想,没有太多地去管它。但最近处理最近的课题的时候,让我改变了这个看法。 由于建模后的模型要用来做分子对接,所以对活性位点口袋残基测链 ...
个人分类: 科研笔记|3001 次阅读|没有评论
分享 分子力场简介 来自wiki百科
袁曙光 2009-12-18 22:17
分子力场 根据 量子力学 的 波恩-奥本海默近似 ,一个分子的能量可以近似看作构成分子的各个原子的空间坐标的函数,简单地讲就是分子的能量随分子构型的变化而变化,而描述这种分子能量和分子结构之间关系的就是分子力场函数。分子力场函数为来自实验结果的经验公式,可以讲对分子能量的模拟比较粗糙,但是相比于精确的 ...
个人分类: 好文转载|5675 次阅读|没有评论
分享 推荐一个非常专业的PDB分子显示软件:Chimera
热度 4 袁曙光 2009-12-17 04:03
大家对于PDB等格式的分子显示都习惯用Pymol,因为pymol比较简单,容易上手。呵呵,符合现代人懒惰的思想。虽然这样懒惰的操作也可以绘制出不错的图片,但看了chimera的作图效果后,一定会让不少人感到惭愧。 以下内容来自Chimera官方网站: http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ Chimera当前最新版本是1.4,支持的平台 ...
个人分类: 科研笔记|16147 次阅读|2 个评论 热度 4
分享 pymol 知道多少?pymol技巧汇总(内附PDF手册)
袁曙光 2009-12-17 03:12
pymol官方PDF手册 基本命令 (也可使用鼠标操作,但不如命令来得简单) pwd # show current directory dir # list file in the current directory ...
个人分类: 好文转载|14018 次阅读|1 个评论

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