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分享 Amber11+AmberTools 1.4并行安装
袁曙光 2010-5-28 15:42
系统:SUSE Linux Enterprise 10 Sp3 Desktop X86 编译器:Intel ifort 11.1 Intel MKL 10.2 Intel ICC 11.1 并行工具:mpich2-1.2.1 先安装编译器和并行工具,然后配置编译器环境变量: #Amber11 setenv AMBERHOME /soft/amber11 set path=($AMBERHOME $p ...
个人分类: 科研笔记|4199 次阅读|没有评论
分享 结合自由能的计算
热度 1 袁曙光 2010-5-14 14:23
一:自由能计算简介 基于结构的药物设计方法有多种多样,包括分子对接、数据库搜索以及从头设计等等,但是它们最终往往都面临一个同样的问题就是药物分子活性的评价。许多药物和其它生物分子的活性都是通过与受体大分子之间的相互作用表现出来的,所以受体和配体之间结合自由能(binding afinity) ...
个人分类: 好文转载|5055 次阅读|1 个评论 热度 1
分享 Gromacs 4.0.7并行 含QM/MM功能安装
热度 1 袁曙光 2010-4-11 04:17
Gromacs 4.0.7并行带QM/MM安装 平台 SUSE Linux Enterprise Desktop 10 SP3 gcc4.1.2 mpich2-1.2.1p1 ifrot 10.1 fftw 3.2.2 解压缩mpich2-1.2.1p1.tar.gz进入此目录,运行: ./configure make make install 运行 touch /etc/mpd.conf ...
个人分类: 科研笔记|6705 次阅读|3 个评论 热度 1
分享 Energy minization in MOE
袁曙光 2010-3-29 17:28
From MOE Manual The Energy Minimize application in MOE calculates atomic coordinates that are local minima of a molecular energy function. Energy minimization is useful for molecule building, determining low energy conformations, conformational search and preparation for molecul ...
个人分类: 好文转载|3539 次阅读|没有评论
分享 药物设计流程图
袁曙光 2010-3-22 00:58
前段时间集中听了几场药物设计的报告,把药物设计的一个大概流程整理了一下,制作成流程图梳理如下
个人分类: Linux相关|5012 次阅读|没有评论
分享 [转载]VirtualBox 共享文件夹设置
热度 1 袁曙光 2010-3-13 16:21
系统装好了,在日常使用过程中,往往要从 VirtualBox 的客户机(guest system)中使用主机(host system)里面的文件,那么通过共享文件夹的方式可以达成此目的。 我在这里写了个图文教程,说明设置过程,希望对大家有所帮助。(注:我的主机是Ubuntu Linux 8.04,客户机是Windows ...
个人分类: Linux相关|3198 次阅读|没有评论 热度 1
分享 MOE Pharmacophore Search
袁曙光 2010-3-9 04:59
药效团 (pharmacophore) 药物分子与受体靶点发生作用时,要与靶点产生几何匹配和能量匹配的活性构象。药物化学家发现,药物分子中的基团对于活性的影响不同,有些基团的变化对药物与靶点之间的相互作用影响很大,有些则影响不大。对于这种差异的研究,人们发现具有相同活性的分子往往具有 ...
个人分类: 科研笔记|3918 次阅读|没有评论
分享 你的模型可靠吗?---明明白白我的模型 Molprobity
袁曙光 2010-3-2 05:06
之前发表两篇同源建模的帖子,这里和大家一起分享模型检测的方法,Molprobity。Molprobity是个在线模型分析工具,地址为: http://molprobity.biochem.duke.edu/index.php 几乎所有的蛋白结构在发表之前都会经过这个工具检测,目前成为结构生物学中一个比较全面的蛋白结构检测工具。 步 ...
个人分类: 科研笔记|6976 次阅读|1 个评论
分享 SSH and SCP
袁曙光 2010-1-7 22:16
ssh scp 用法 对于没有开通FTP服务器的机器,scp结合ssh对于我们远程工作非常方便。 ssh远程登录: ssh root@192.168.1.101 如果想支持图形界面,命令则为: ssh -X root@192.168.1.101 输入用户名密码后, 再新开一个shell脚本 用于查看远程机器的目录以及文件 然后scp拷贝文件: scp root@ ...
个人分类: Linux相关|3185 次阅读|2 个评论
分享 Schrodinger 功能模块简介 zz
袁曙光 2010-1-7 15:57
http://www.schrodinger.com Schrdinger(薛定谔)是药物发现的完整软件包,包括:基于受体和配体结构的诱导契合和柔性对接模式;基于受体结构及配体极性的对接模式;基于受体结构及溶液环境性质的对接模式;组合化学库设计及基于组合库的对接模式;基于配体结构的药物设计,药效团和3D-QSAR;生物分子结构模拟 ...
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