陈文峰的博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/陈文峰 专注于根瘤菌的研究

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推荐一个免费的统计学软件-PAST
2014-12-1 08:35
Past ( PA leontological ST atistics) is free software for scientific data analysis, with functions for data manipulation, plotting, univariate and multivariate statistics, ecological analysis, time series and spatial analysis, morphometrics and stratigraphy. http://folk.uio.no/ohammer/pas ...
个人分类: 根瘤菌进化、发育与系统学|20089 次阅读|没有评论
推荐一篇根瘤菌多样性与豆科植物共生关系的一篇论文
热度 1 2014-11-6 08:57
Peix等人最近在Critical Reviews in Plant Sciences杂志上发表了一篇论文,题目是:Bacterial associations with legumes,系统地阐述了根瘤菌的多样性及与豆科植物关系的论文,这里推荐一下。本文对分离自豆科植物根瘤的细菌,包括固氮根瘤菌和非固氮根瘤菌的新种进行了系统而全面的收录,特别是没有被收录到LPSN网站( ...
个人分类: 根瘤菌分类|11984 次阅读|1 个评论 热度 1
推荐:植物-微生物互作的博客
2014-10-10 08:11
Plants and Microbes , Everything related to the science of plant-microbe interactions Curated by: Kamoun Lab @ TSL http://www.scoop.it/t/mpmi
个人分类: 根瘤菌与豆科植物分子相互作用|11177 次阅读|没有评论
基因组比较表明MAFF303099与Mesorhizobium huakuii 7653R同种
2014-6-13 14:19
华中农业大学李友国教授课题组新近发表在BMC Genomics上的一篇论文,全面报道 Mesorhizobium huakuii 7653R的全基因组,并与MAFF303099的基因组进行了比较,结果发现,MAFF303099与 M. huakuii 应为同一个种,但两者的共生特性不同。7653R对宿主的专一性很强,只与紫云英( Astragalus sinicus )结瘤固氮;而MAFF303099 ...
个人分类: 根瘤菌基因组学|11483 次阅读|没有评论
无限和有限根瘤(indeterminate and indeterminate nodules)
2014-5-28 17:21
无限根瘤(indeterminate nodules,或称为非定型根瘤)和有限根瘤(determinate nodules,或称为定型根瘤)示意图 摘自: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1469-8137.2004.01285.x/pdf Determinate nodules are found on certain tribes of tropical legume such as those of the genera Glyc ...
个人分类: 根瘤菌与豆科植物分子相互作用|17280 次阅读|没有评论
全基因组测序将成为细菌分类必须做的一项指征
2014-5-20 11:27
2014年3月份的 Antonie Van Leeuwenhoek杂志上,Vandamme和Peeters联合撰文,提议以后的细菌多相分类中,特别是新种的鉴定与发表中,必须增加全基因组信息,以及采用快速高效的表型鉴定系统对细菌必需特征进行测定。而最近我投到SAM(Syst. Appl. Microbiol.)的一篇新种论文,编辑也以没有模式菌株的基因组信息(the genom ...
个人分类: 根瘤菌进化、发育与系统学|9775 次阅读|没有评论
缅怀Gisèle Laguerre,根瘤菌分类学家
2014-4-30 21:03
今天与来自突尼斯的Bacem交流,得到 Gisèle Laguerre 去世了。2013年1月16日因为肺癌去世的,年仅55岁。我对Laguerre记忆最深的是经常引用她的一篇论文,可以说,现在我们常使用的扩增 nodC 和 nifH 的引物就是根据这篇论文中设计的。google是查了下,这篇论文被引用了280次了。 Classification of r ...
个人分类: 生活、其它|9080 次阅读|没有评论
用R语言统计一下LPSN网站上的各属内的物种数
2014-4-20 22:19
#使用R语言,可以将LPSN网站( http://www.bacterio.net )上的感兴趣的细菌的属下的物种数统计出来并做图: library(stringr) #统计中华根瘤菌属( Sinorhizobium ) SinorhizobiumPage - readLines(http://www.bacterio.net/sinorhizobium.html) grep('Numbe ...
个人分类: 根瘤菌分类|12150 次阅读|1 个评论
根瘤菌类群的一个新属:Neorhizobium gen. nov.
2014-4-16 16:17
芬兰的Mousavi等人新近提出了一新的属, Neorhizobium gen. nov.,它是将之前发表的几个新种合并到一起,并提出新的属,属名命名为新根瘤菌属( Neorhizobium )。详见这里: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0723202014000204 Abstract The genera Agrobacterium , Allorhizobium , and Rhiz ...
个人分类: 根瘤菌分类|11020 次阅读|没有评论

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