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分享 [转载]插入序列与共生兼容性的适应性共进化
陈文峰 2017-8-23 12:25
转自:http://news.cau.edu.cn/art/2017/8/23/art_8769_528583.html 本网讯 8 月 11 日,微生物学顶级刊物之一 The ISME Journal ( 国际微生物生态学会会刊, 5 年影响因子 11.630) 在线发表了生物学院陈文新院士课题组的研究论文 “Adaptive evolution of rhizobial symbiotic compatibility mediated by co ...
个人分类: 根瘤菌进化、发育与系统学|4437 次阅读|没有评论
分享 最新(2017-8-9)的根瘤菌系统发育树包括的纲、属、种
陈文峰 2017-8-9 19:17
年已83岁的英国结瘤植物学家Janet I. Sprent近期又写了一篇结瘤植物生物和它们的共生固氮菌的生物地理学,发表在New Phytologist 2017年7月号上。 http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.14474/full Biogeography of nodulated legumes and their nitrogen-fixing symbionts 其中对当前根瘤菌的系统发育做 ...
个人分类: 根瘤菌进化、发育与系统学|4820 次阅读|没有评论
分享 根瘤菌系统学的研究进展与展望
热度 1 陈文峰 2016-1-5 08:56
2016 年 1 月 4 日,中国知网在线优先出版了《微生物学通报》上由我本人撰写的论文——根瘤菌系统学研究进展与展望,见 这 里 ,或 这里 。 在该文中,作者对 2001 年以来根瘤菌的系统学方面的研究情况进行了总结与展望,并对根瘤菌与豆科植物共生专一性和混杂性的问题进行了归纳与评述。 主要 ...
个人分类: 根瘤菌进化、发育与系统学|9394 次阅读|2 个评论 热度 1
分享 推荐一个免费的统计学软件-PAST
陈文峰 2014-12-1 08:35
Past ( PA leontological ST atistics) is free software for scientific data analysis, with functions for data manipulation, plotting, univariate and multivariate statistics, ecological analysis, time series and spatial analysis, morphometrics and stratigraphy. http://folk.uio.no/ohammer/pas ...
个人分类: 根瘤菌进化、发育与系统学|14465 次阅读|没有评论
分享 全基因组测序将成为细菌分类必须做的一项指征
陈文峰 2014-5-20 11:27
2014年3月份的 Antonie Van Leeuwenhoek杂志上,Vandamme和Peeters联合撰文,提议以后的细菌多相分类中,特别是新种的鉴定与发表中,必须增加全基因组信息,以及采用快速高效的表型鉴定系统对细菌必需特征进行测定。而最近我投到SAM(Syst. Appl. Microbiol.)的一篇新种论文,编辑也以没有模式菌株的基因组信息(the genom ...
个人分类: 根瘤菌进化、发育与系统学|8203 次阅读|没有评论
分享 用Mothur分析多个DNA序列的OTU或ST
热度 3 陈文峰 2012-11-22 20:39
Mothur的主页: http://www.mothur.org/wiki/Main_Page Mothur 是一个架构非常好的生物信息学软件,把大量的工具和模块整合到了一起,并且将输入和输出标准化,非常简单易学。在 高通量测序数据处理中 特别有用。Mothur可用于距离的计算、多样性计算,非常适合微生物生态学和种群结构的研究。 正如发表mothur软 ...
个人分类: 根瘤菌进化、发育与系统学|16989 次阅读|4 个评论 热度 3
分享 IJSEM主编易人
陈文峰 2012-10-26 06:21
IJSEM主编易人
2012年10月25日起,担任9年IJSEM的主编Peter卸任了,由Aharon教授接任。 IJSEM Editors Prof Aharon Oren (left) presents Prof Peter Kmpfer (right) with a token of appreciation for his nine years service with IJSEM. From: http://ijs.sgmjournals.org/site/misc/new ...
个人分类: 根瘤菌进化、发育与系统学|6230 次阅读|没有评论
分享 MEGA 5正式版发布,可以使用了
热度 2 陈文峰 2011-2-19 09:37
昨天听一个研究生说,MEGA 5正式版出来了,今天将自己的升级了,用得很舒服。正如MEGA 5中介绍的那样,新版本在分析速度上大大提升。还可对ML法进行分析,参见我的另一篇博文: http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=3533do=blogid=329594 。 另外,相对于MEGA4,Mega5的主要改进如下: 另存功能 ...
个人分类: 根瘤菌进化、发育与系统学|7612 次阅读|2 个评论 热度 2
分享 系统发育树构建软件Mega5支持最大似然法(Maximum likelihood)算法了
热度 5 陈文峰 2010-5-28 11:22
今天本来在试用PHYML中的最大似然法来构建系统发育树,后来与人交流,他要对一些序列进行比对,我推荐他用Mega软件,就让它从网上下载,他下载后,我发现Mega4已升级到5.0版本了。再一看,发现它居然支持最大似然法来构建系统发育树了,而以前的4.0版是不支持的。我赶紧自己也下载了一个,安装运行后,发现确实能用。不过 ...
个人分类: 根瘤菌进化、发育与系统学|21575 次阅读|16 个评论 热度 5

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