我们在通过基因组从头预测后，获得gff3文件。在gff3文件中，我们可看到组装的contig或scafford上的基因结构。从gff3文件中，我们无法得到基因的功能信息。此时，我们需要对已知结构的基因进行功能注释。

        功能注释，即通过核酸或蛋白序列的比对，获得我们组装的参考基因组的基因功能。我们可以在NCBI或uniport等数据库下载核酸或蛋白序列，通过linux的文本处理，将gff3文件中的蛋白序列提取出来，形成新的fasta文件。使用blast软件，将下载的蛋白数据库建立索引，然后对fasta与蛋白数据库进行blast，得到基因的功能信息（得到结构基因的ID号）。获得基因的ID号之后，我们便可以对基因组进行GO或KEGG富集分析。为后续的比较基因组学研究做准备。