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[转载]linux软件的源码安装与直接安装

已有 1976 次阅读 2021-6-3 10:47 |系统分类:科研笔记|文章来源:转载

        首先介绍一下源码安装,源码安装顾名思义:使用源代码进行安装。既然是源码,我们就需要根据源码的种类进行编译,目前生信软件主要是C,C##编译。因此我们在进行编译安装时,需要用make命令来进行编译安装,编译安装的源码都在Makefile文件中。源码安装的优点是,我们可以根据自身的需求,进行软件的定制安装。比如:在安装augustus时,我们可以更改common.mk中的设置,对软件进行定制安装。

        直接安装相对来说比较容易,我们直接从githup或软件官方下载编译好的压缩文件,进行下载安装。

        在软件的安装过程中,对于root用户,非常方便,在需要依赖包是直接进行安装或者更新即可。但对于非root用户,则较为困难。构建conda环境,conda安装软件是一种折中的方法。同时在进行编译安装时,更改common.mk中的命令,也可以解决无root权限的问题。

        但是在conda安装augustus时遇见一个问题:segmental false(空间错误),这个问题主要是conda软件的脚本执行,依赖不同于环境中的执行语言。如python脚本,无法用c编译器执行,目前这个问题,限于本人的学识水平,尚未得到解决。

        以下为引用:

         

关于gcc、make和CMake的区别

CMake是一种跨平台编译工具,比make更为高级,使用起来要方便得多。CMake主要是编写CMakeLists.txt文件,然后用cmake命令将CMakeLists.txt文件转化为make所需要的makefile文件,最后用make命令编译源码生成可执行程序或共享库(so(shared object)).它的作用和qt的qmake是相似的。

作者:辉常哥

链接:https://www.zhihu.com/question/36609459/answer/89743845
来源:知乎
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1.gcc是GNU Compiler Collection(就是GNU编译器套件),也可以简单认为是编译器,它可以编译很多种编程语言(括C、C++、Objective-C、Fortran、Java等等)。

2.当你的程序只有一个源文件时,直接就可以用gcc命令编译它。

3.但是当你的程序包含很多个源文件时,用gcc命令逐个去编译时,你就很容易混乱而且工作量大

4.所以出现了make工具
make工具可以看成是一个智能的批处理工具,它本身并没有编译和链接的功能,而是用类似于批处理的方式—通过调用makefile文件中用户指定的命令来进行编译和链接的。

5.makefile是什么?简单的说就像一首歌的乐谱,make工具就像指挥家,指挥家根据乐谱指挥整个乐团怎么样演奏,make工具就根据makefile中的命令进行编译和链接的。

6.makefile命令中就包含了调用gcc(也可以是别的编译器)去编译某个源文件的命令。

7.makefile在一些简单的工程完全可以人工手下,但是当工程非常大的时候,手写makefile也是非常麻烦的,如果换了个平台makefile又要重新修改。

8.这时候就出现了Cmake这个工具,cmake就可以更加简单的生成makefile文件给上面那个make用。当然cmake还有其他功能,就是可以跨平台生成对应平台能用的makefile,你不用再自己去修改了。

9.可是cmake根据什么生成makefile呢?它又要根据一个叫CMakeLists.txt文件(学名:组态档)去生成makefile。

10.到最后CMakeLists.txt文件谁写啊?亲,是你自己手写的。

11.当然如果你用IDE,类似VS这些一般它都能帮你弄好了,你只需要按一下那个三角形

12.cmake是make maker,生成各种可以直接控制编译过程的控制器的配置文件,比如makefile、各种IDE的配置文件。
13.make是一个简单的通过文件时间戳控制自动过程、处理依赖关系的软件,这个自动过程可以是编译一个项目。

来源:https://www.cnblogs.com/xuelisheng/p/9988626.html



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