2020年10月21日加拿大多伦多大学Daniel D.De Carvalho团队在Nature上发表了一篇名为“Epigenetic therapy induces transcription of inverted SINEs and ADAR1 dependency”（https://www.nature.com/articles/s41586-020-2844-1，DOI: 10.1038/s41586-020-2844-1）的文章，即表观遗传疗法可诱导SINEs反向转录和ADAR1依赖，影响因子（IF）为43.07。

病毒模仿是该团队先前的突破性发现，指的是癌细胞表现出被感染的能力，从而激活免疫系统来像感染一样抵抗癌症。本文章基于结肠癌，为了寻找可以与病毒模仿反应协同作用的靶点，这次该团队试图识别由表观遗传疗法激活的免疫源性逆转录酶，该酶为ADAR1酶。以往研究RNA-seq分析显示，DNA甲基转移酶抑制剂（DNMTi）处理后，LINEs和ERVs的正义和/或反义转录有所增加，而SINEs在基因组中是沉默表达的，而本研究发现内含子和基因间的SINEs元件，尤其是倒转重复的Alu序列，是由药物诱导免疫源性dsRNA的主要来源，这与以往研究中报道的结果不同。这也是本文章的一重大发现，因此文章重点对这些倒转重复Alu序列展开的详细透彻的研究。

首先发现这些倒转重复的Alus通常位于“孤儿” CpG岛的下游。在哺乳动物中，靶向ADAR1酶并破坏反向重复Alu dsRNA序列阻碍了MDA5受体的激活。研究还发现ADAR1建立了负反馈回路，从而限制了病毒模仿表观遗传疗法的功效。在患者来源癌细胞中ADAR1的缺失增强了表观遗传疗法的功效，抑制了肿瘤的生长并减少了癌症的发生。因此，表观遗传疗法通过诱导倒转重复Alus序列从而形成病毒模仿环境，这形成对ADAR1的依赖性。该研究发现表明，表观遗传疗法结合ADAR1抑制剂有潜力成为一种新型癌症治疗策略。

该研究做了大量的工作，分别通过培养结肠癌原始细胞及细胞系、建立小鼠模型进行了体内外的实验研究，并采用RNA-seq cDNA文库建立及对测序数据的挖掘及分析，涉及到Paython、R语言和大量生物信息学在线软件[如调整原始Fastq文件的trim_galore v.0.5.0 (http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/)，比对修剪后的文库的软件STAR aligner program (v.2.5.2)，标记重复reads用picard(v.1.9.1) (http://broadinstitute.github.io/picard/)，计数标记重复位点上的reads采用subread tools (v.1.6.2)，使用samtools合并每个样本的复制，使用Stringtie程序(v.1.3.3)从每个样本中提取转录本，使用bamUtil包(v.1.0.14)中的clipoverlap程序裁剪reads伙伴之间的重叠，et al.]的运用及常规生物实验操作（RNA提取、cDNA制备、qPCR、western blot、免疫荧光共聚焦显微镜等）等，其中生物学信息分析相关知识及软件的运用是重点也是难点，也是我实验过程分析数据的弱点，需要加强学习。

另外我发现，该文章采用BioRender.com在线网站制备的流程图及小鼠实验的模式图，我觉得可以借鉴到我自己研究课题中模式图的绘制，该网站涵盖了我们生物实验过程中常见动物、实验器材、细胞培养器皿、线条形状等多种简易模板，可根据自己的实验需求进行组合，使用起来简单高效，关键是可以更加清晰直观的表达实验思路及文章操作流程，更利于文章思路的分享及阐述。另外文章中还提到了常用的作图软件GraphPad prim，现在有 7.0/8.0版本，最近还更新至9.0版本，均可以满足我们常规制作柱状图、折线图、生存曲线图、森林图、散点图等需求，且该软件还可以进行数据分析，例如t检验、单因素方差分析、多重比较等，也是科研必备软件之一。

我还发现，该文章写作语言流畅简洁，同义词替换使用使使文章表达不单调，例如作者在表述实验方法 “为了验证/检测…”时分别采用了“identify/examine/detect/perform/uncover/investigate/seek/test/assess/determine/conform/characterize…”等不同的单词进行表述，在表达“结果表明…”时分别采用了“we find that…/it demonstrates that…/the results help explain to…/it suggests that…”等。并且文章思路严谨清晰，层层递进，工作细致深入，表述明确，值得我们写英文文章时借鉴参考。

总之，通过本次文献的阅读学习，我了解到癌症治疗的前沿进展，虽然该方案有潜力成为癌症治疗的新型策略，但是我认为其安全性及不良反应及后果有待进一步评估，能否正真适用于临床还有待实验验证。但无论如何，Daniel D.De Carvalho团队的科研成果让我们知道人类离攻克癌症又前进了一步。科研本就是几代人不懈努力、坚持探索的结果，正如牛顿所说：“如果我看的比别人更远些，那是因为我站在巨人的肩膀上”，我们搞科研也需要在前人研究的基础上不断创新、不断突破、不断接近事物的本质与真相，用我们的科研成果更好的服务于、应用于人类生活、生产的需要。