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近期大火的 AlphaFold 登上了圈内圈外的热搜榜。作为外行,我阅读了几位大师的评论和采访,总结了以下几条我个人认为最关键的信息。
问题一:蛋白质结构预测领域主流的实验方法有哪些?
回答:目前,冷冻电子显微镜(CryoEM)、核磁共振或X射线晶体学等实验技术,是蛋白质 3D 结构发现的常规方法。
问题二:AlphaFold 是否会取代实验的蛋白结构发现方法?
回答:会取代很大一部分,尤其是在低分辨率下,特别是用冷冻电子显微镜进行的结构发现准确性较低。
问题三:AlphaFold 的这次成功凭借的是什么“利器”?
回答:是注意力机制(Attention Mechanism)。注意力机制的引入,解决了如何更好地从多序列对齐(Multiple Sequence Alignment)数据中提取特征以指导结构预测的问题。
问题四:AlphaFold 还有没有待提升的空间?
回答:AlphaFold 的表现集中体现在对于蛋白质静态结构的预测。在蛋白-蛋白相互作用结构、C 端 N 端的序列、蛋白质结合位置和蛋白质结构变化等领域,AlphaFold 还有待进一步改良。另外,AlphaFold 在各项指标评比中强调的是中位数,甚至都不是平均数。这就表明,AlphaFold 在有些蛋白的预测结果较差。
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GMT+8, 2024-9-19 08:43
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