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办公工具| 高通量| 分子生物学| 生物信息|

生物信息小软件：在线BLAST（可批量）: 张左兵 2023-1-23 19:03; 有的时候，我们需要在线blast多个序列，如果逐个的往 NCBI blast页面输入，比较繁琐，也比较费时。为此，利用python语言特编写了一个小程序，以方便使用。软件分2个版本：（1）版本一（ blast_online2htmlV1.0.exe ）是将blast结果以html形式存储，并将比对上的前5个序列信息提取到excel文件中；（2） ...; 个人分类: 生物信息|3427 次阅读|没有评论

小程序：从fasta序列中挑选出特定fasta序列: 热度 1 张左兵 2022-10-23 01:00; 高通量测序后的序列fasta文件往往很大，利用EditPlus等打开往往只能打开部分，还有很多会被丢弃掉，导致查询不到。因此，利用python，写了本程序select_fasta（V1.0），可从fasta文档中将特定序列号的fasta序列复制出来，并存储到一个新的到fasta文本中，可以根据序列号批量复制fasta序列。 ...; 个人分类: 生物信息|1719 次阅读|3 个评论热度 1

抽奖小程序: 张左兵 2022-6-26 22:37; 举办一些活动的时候，如果需要进行简单抽奖，可以用本小程序，抽奖结果以excel形式储存到同一文件夹中。小程序存贮在百度网盘：链接：https://pan.baidu.com/s/1m0Wm-iOMYBhDYwDbpkQ2Fw ...; 个人分类: 办公工具|3085 次阅读|没有评论

从Excel文件中提取序列并以Fasta格式形式储存到txt文件中: 张左兵 2022-6-21 00:10; 本小程序可以从文件中提取序列及其名称，并以fasta格式形式储存到txt文件中。小程序存贮在百度网盘：链接：https://pan.baidu.com/s/1psVIUyfYsr3-533uCf__Aw &nbs ...; 个人分类: 生物信息|4037 次阅读|1 个评论

本地blast结果一键提取比对序列信息 2: 张左兵 2021-11-27 01:04; 利用本地BLAST 一文编写的小程序BLAST后，结果里会出现两个文件：*_out_detail.txt文件和 *_out_simple.txt文件。在“ 本地 blast结果一键提取比对序列信息 ”一文中，介绍的自编的小程序 unigene_from_blast_out_detailV1.0.exe 可以在比对结果 *_out_detail.txt中快速提取 Identiti ...; 个人分类: 生物信息|2911 次阅读|没有评论

本地blast结果一键提取比对序列信息: 张左兵 2021-11-22 19:35; 利用本地BLAST 一文编写的小程序BLAST后，结果里会出现*_out_detail.txt文件。如果手工从这个文件中提取比对Identities = 100%的序列信息会比较繁琐，尤其是比对出的序列较多时。为此，编写了个小程序，用于一键提取相关信息到xlsx文件中。小程序存贮在百度网盘： ...; 个人分类: 生物信息|3679 次阅读|1 个评论

小程序：用序列号实现从NCBI或Ensembl 批量下载序列: 热度 1 张左兵 2021-11-9 09:18; 构建进化树的时候，常需要批量下载序列，尤其是重现文献上进化树时。为此，利用python语言写了2个小程序，能够实现从NCBI的GenBank和Ensembl批量下载核酸序列和蛋白序列。分为2个版本：一个能够从ncbi批量下载，另一个能够从ensembl批量下载。 &nb ...; 个人分类: 生物信息|5950 次阅读|4 个评论热度 1

生物信息小软件：本地BLAST: 张左兵 2021-6-11 17:31; 高通量测序后会获得很多序列，一般公司都会进行注释，但是如果参考基因组或参考序列注释不完整的情况下，往往需要我们开展本地blast。NCBI的BLAST+是常用的程序，但是需要输入参数和语言。实践证明，这会将N多人挡在门外。为此，利用python语言特编写了一个小程序，以方便使用。 &nb ...; 个人分类: 高通量|3862 次阅读|4 个评论

办公小程序：文件排序用于PDF合并软件，同时批量提取文件名: 张左兵 2021-6-7 17:43; 在合并PDF文档（可用编写的小程序：合并pdf文档.exe ，详见 http://blog.sciencenet.cn/blog-3446543-1247466.html ）的时候，发现有的时候需要需调PDF的合并顺序，少量的还可以，当量多的时候，就比较繁琐，工作量大，本程序针对这一弊端，设计了在合并前即进行排序，这样保证合并 ...; 个人分类: 办公工具|2286 次阅读|没有评论

引物设计小程序1-扩增特定序列的引物设计、酶切位点选择自动完成小程序: 张左兵 2021-5-29 19:15; 在实验过程中，往往需要将特定片段的序列通过PCR扩增并插入到特定载体中，由于扩增片段的长度是固定的，现有的引物设计程序操作起来比较复杂，因此设计了这个小程序，简化设计流程。分为2个版本：v1_2版本需要自己提前分析好插入 ...; 个人分类: 分子生物学|2159 次阅读|没有评论

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