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使用SnapGene viewer绘制比较基因簇结构图

已有 8420 次阅读 2020-9-10 08:17 |系统分类:科研笔记

        

      前期介绍了如何使用SnapGene viewer寻找酶切位点和设计引物，SnapGene viewer是一款专业的质粒图谱绘制软件，也可以绘制比较基因簇结构图。今天以基因组里的原噬菌体为例，在这里教大家使用SnapGene viewer绘制比较基因簇结构图，想要学习的小伙伴们，可以跟着学习哦！

1 寻找原噬菌体

1.1 PHAST
        打开PHAST (http://phast.wishartlab.com/)网址，输入基因组Genbank accession number/fasta件，点击submit。


image.png

1.2 选择prophage

 选取PHAGE_Shigel_SfII

image.png


2 NCBI BLAST比对
2.1目标序列的比对
        通过PHAST比对的结果，如下图标记的前者是基因组里的基因名，后者是噬菌体的GI号，下载蛋白序列进行NCBI blastp比对。
网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgiimage.png
2.2 blastp比对
一般我们认为identity >30%；e-value <1e-10；score>200；overlap >60%，二者具有同源性。image.png
3 SnapGene viewer作图
3.1导人序列
        导入序列从NCBI上下载基因组上比对上的基因区段与phage_shigel_sfii基因（gb文件），导入序列后，SnapGene Viewer会自动识别质粒序列上的酶切位点等信息，依次点击下方的图标，将文字信息去除。

image.png
3.2 基因结构绘制
       双击在DNA line下方的基因，适当调小基因的长度，让基因落在DNA line上（这里是使图片美观的，也可以不设置），根据比对结果，与基因组同源的基因设置成一样的颜色，点击file，将图片导出 Map。（svg矢量图格式，用于后续AI绘图）

image.png
3.3使用AI软件进行拼图

       打开Adobe Illustrator CS6，选中矢量图，放置到一个模板里，小编这里就只加了标尺与名称，根据需要你们可以自行添加标注与注释等信息。


image.png


这项绘图的小技巧学会了吗？

                   更多信息请关注下方公众号

微信公众号图片.png



https://blog.sciencenet.cn/blog-3445347-1249949.html

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