在lammps运算过程中，电脑死机了，怎样把算的例子续上？

周龙 2021-3-28 20:42

题目中涉及到模拟技巧问题，一般模拟的时候，我们都会设置断点的。有的软件自动设置断点，比如GROMACS就有断点设置。而LAMMPS不是自动设置的，需要大家在in文件中写明。下面讲讲如何设置断点： 常用的方法，而且是强烈推荐的方法是用restart命令，放置在run命令的前面 格式是：restart 1000 restart_file.1 ...

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LAMMPS手册中thermo_style的整理

周龙 2021-3-25 18:04

LAMMPS手册中thermo_style的整理 ①　 step = timestep （时间步长大小） 1s=10^3ms=10^6 μ s=10^9ns=10^12ps=10^15fs ②　 elapsed = times ...

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lammps中data文件的建立

热度 1 周龙 2021-3-10 21:55

Data 文件书写步骤 lammps 中关键的一步是 data 文件的建立，这里总结 3 种不同的方法来建立 data 文件。（个人推荐方法二） 方法一： 首先 通过 Ms建立模型，然后输出cif或者pdb格式文件（最好用pdb格式文件，因为pdb格式文件包含电荷）；其次，通过Atomsk进行格式转化，将cif ...

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kspace

周龙 2020-12-31 14:41

Kspace这个东西是为了处理库仑势。因为库仑势是1/r的函数，而且是长程势，计算1/r这样的函数很费时间，所以要用一个比较省时间的办法。Lammp目前共提供五种选择，除了none以外，就是r ewald or pppm or pppm/tip4p or ewald/n ，其中经典和基本的算法是Ewald，还有一种需要用Fourier变换的方法，叫PPPM。最后两种是它们的 ...

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fix temper命令

周龙 2020-12-29 20:43

temper命令使用一个体系的多个拷贝，运行并行调整计算 （或叫拷贝交换模拟 ）。 使用语法 ：temper N M temp fix-ID seed1 seed2 index N = 运行过程总步数 M = 每M个时间步尝试进行temper交换 temp = 每个拷贝的初始温度值 fix-ID = 运行过程中用于控制温度的fix命令的ID seed1 = ...

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unfix命令

周龙 2020-12-29 20:40

unfix 命令删除之前使用 fix 命令定义的约束。 使用语法 unfix fix-ID fix-ID = 要删除的 fix 命令的 ID 使用举例 unfix 2 unfix lower-boundary 使用介绍 删除之前使用 fix 命令定义的约束。它也会删除使用 fix_modify 命令对该约束所进行的修改。 ...

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fix 命令介绍

周龙 2020-12-29 20:37

LAMMPS中对模拟原子和盒子的操作基本上都需要利用fix命令来实现。 fix本义为 修理 ，该命令除了实现基本的NVE，NPT等系综的求解，而且还可以实现改变原子受力，增加约束，沉积原子和模拟盒子变形等操作，掌握fix命令对利用LAMMPS进行分子动力学模拟是非常重要的。 fix 命令介绍 ...

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[转载]lammps中fix命令

周龙 2020-12-29 20:31

fix命令为一组原子施加fix约束。 使用语法 fixIDgroup-IDstyleargs ID = fix命令的ID group-ID = 该fix命令所作用的原子组的ID style = fix类型名（最下有列表） args = 特定类型fix命令所需要的参数 使用举例 fix1allnve fix3allnvt& ...

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