[转载]group command

周龙 2021-4-10 08:33

group ID style args ID ：用户命名的组名 style = delet or type or molecule or id or variable delete = no args type/molecule/id = start end increment example : 给分子1-10编为组A-- group A molecule 1 10 将一系列的原子编组用于fix，compute，dump的计算 ...

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[转载]fix deform command

周龙 2021-4-10 08:27

fixIDgroup-IDdeformNparameterargs...keywordvalue... N:每N步执行一次变形 parameter=xoryorzxyorxzoryz x,y,zargs  ...

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[转载]LAMMPS中的系综（NPT/NVT）命令

周龙 2021-4-10 08:23

LAMMPS中的系综（NPT/NVT）命令 语法： fixIDgroup-IDstyle_namekeywordvalue... ID 是fix名，group-ID是fix所作用的群组名。这两个是所有fix命令都需要的。 style_name可以选择NVT、NPT或者NPH 关键词keyword和对应的数值value可以添加 keyword ...

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变量$a与v_a的区别

周龙 2021-4-6 19:14

$a：是取一次值，去完之后就不变了，一般用于in文件中，替代取值，类似于常变量替换； v_a： 取随着时间变化的值，一般用于thermo, fix, dump 的输出。

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[转载]lammps计算的应力

周龙 2021-4-6 18:57

lammps计算的应力有两种： 一是体系整体的应力状态，通过在thermo_style custom里加上pxx pyy pzz pxy pxz pyz字段可将给定时间步（由thermo N命令所指定）的体系应力值输出，再求时间平均即可（实际上求出的是压强张量，即负的应力值）； 该应力的计算用的是统计力学里的Virial定理（参见Computer simulation of l ...

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[转载]Packmol的使用-构建分子动力学初始结构

周龙 2021-4-5 11:52

Packm ol简介 Packmol是一个免费的、很有价值的构建分子动力学模拟初始结构的工具，非常流行。简单来说就是由用户提供一种或多种分子的结构文件，并且设定一些约束条件，Packmol就会把各种分子按照设定将指定数目的分子堆积到满足要求的区域中。程序会通过优化算法不断尝试各种堆积方式，直到构建出原子间没有不合 ...

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