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基于BSR-seq来研究茶树叶色变异

已有 606 次阅读 2020-7-23 22:20 |系统分类:论文交流

Repressed Gene Expression of Photosynthetic Antenna Proteins Associated with Yellow Leaf Variation as Revealed by Bulked Segregant RNA-seq in Tea Plant Camellia sinensis


材料:

父本:龙井43;母本:白鸡冠;绿色F1;黄色F1

取材部位:一芽二叶


方法:

(1)Bulked Segregant RNA-seq (BSR-seq):

将转录组测序与集群分离分析相结合,在转录组范围内开发SNPs,筛选与性状紧密连锁的SNPs,进行功能基因的定位,同时进行基因差异表达分析等转录组常规分析的技术。

每个类别混合建库,转录组测序

(2)叶绿素和类胡萝卜素的测定,表皮蜡质的测定

(3)qRT-PCR


结论:在杂交种群上使用BSR-seq消除了遗传背景和个体差异的某些干扰作用,从而帮助本研究集中研究了控制黄叶茶树叶片颜色变化的关键基因。


注:算是BSR-seq在茶学研究中的第一次尝试。从BSR-seq的定义中可以看出,本研究只做了后半部分,而对于SNP和基因定位是没有分析的。另外没看到本研究的原始测序数据在NCBI SRA数据库中的编号。

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jafc.0c01883




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