方法一：标签颜色区分样品分组

利用标签的颜色来区分样品分组，不同颜色代表不同的分组。如下所示：

要实现上方进化树图中对每一个样品或基因名称设置不同字体颜色用以分组，需要准备以下配置文件，其结构如下：

TREE_COLORS
SEPARATOR TAB
DATA
155864    label   #6633ff bold    1.5
83334    label   #6633ff bold    1.5
217992    label   #6633ff bold    1.5
562    label   #6633ff bold    1.5
...
181661    label   #6633ff bold    1.5
180835    label   #6633ff bold    1.5
382    label   #6633ff bold    1.5
29461    label   #6633ff bold    1.5

前三行为固定格式，可不用修改，DATA后就是我们要添加的注释信息了。这里总共分5列信息，每列之间使用Tab制表符分隔（由第二行"SEPARATOR TAB"所设置）：

第一列：进化树中物种、样品或基因的名称；

第二列：设置修改类型为label；

第三列：为每一样品设置对应颜色；

第四列：标签的字体，如bold表示使用粗体；

第五列：对标签字体的大小进行修改（数值越大，字体越大）。

同一分组的我们给设成同一种颜色。这样就很容易在进化树中区分不同分组了。

方法二：标签背景色区分样品分组

同样的，也可以利用标签的背景色区分样品的分组，不同颜色代表不同的分组。如下所示：

要实现上方进化树图中对每一个样品或基因名称设置不同背景颜色用以分组，需要准备以下配置文件，其结构如下：

TREE_COLORS
SEPARATOR TAB
DATA
155864    range   #6633ff test1
83334    range   #6633ff test1
217992    range   #6633ff test1
...
181661    range   #6633ff test2
180835    range   #6633ff test2
382    range   #6633ff test2

文件格式与之前的配置文件类似，所不同的是这里只有四列：

第一列：进化树中物种、样品或基因的名称；

第二列：设置修改类型为range（分枝上添加一个color range，即整个分枝添加背景色，但默认只显示标签背景色）；

第三列：为每一样品设置对应的背景颜色；

第四列：设置color range 的标签，这里用处不大。

枝的颜色设置

此外，还可以对进化树的枝的颜色进行设置，其 配置文件 如下：

I149    clade   #00ccff normal  2
I189    clade   #FF0000 normal  2

第一列：进化树中节点ID。iTOL在导入nwk文件时会为每个节点分配一个Node id，可以点击进化树的节点查看，如下：

第二列：设置修改类型为clade；

第三列：设置枝的颜色；

第四列：设置线条类型，这里用的实线；

第五列：设置枝的粗细，数值越大，线条越粗。

转自https://www.omicsclass.com/article/448