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[转载]一代测序、二代测序以及三代测序的优缺点及应用对比
胡耿 2020-4-30 12:30
整理自 https://www.sohu.com/a/238087260_781409 一代测序:又称 Sanger 测序(多分子,单克隆) 历史:第一代 DNA 测序技术(又称 Sanger 测序)在 1975 年,由 Sanger 等人开创,并在 1977 年完成第一个基因组序列(噬菌体 X174 ),全长 5375 个碱基。研究人员经过 30 年的实践并对技术 ...
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孔子晚年遭受的打击——妻子、颜回、子路相继去世
胡耿 2020-4-30 10:16
为了实现心中的政治理想,孔子在大约55岁(公元前497年)的时候离开鲁国,周游列国,寻找仁君明主。令他失望的是,在恃强凌弱、列强争霸的春秋末期,没有一个统治者能够理解并采纳他的主张,“(孔子)有圣德,好学不倦。周游列国,弟子满天下,国君无不敬慕其名,而为权贵当事所忌,竟无能用之者”《东周列国志》。68岁 ...
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孔子论人生——求仁得仁,无可无不可
胡耿 2020-4-29 09:34
部分内容摘自 http://m.kdnet.net/share-12330921.html 《论语 ·微子》中记载了孔子对人生的很多 看法 。 开篇是三个暴政下的人生:在商纣王的时代,微子选择逃离,箕子装疯卖傻保全生命,比干则坚持批评,最后被商纣王刨心 ( 微子去之,箕子为之奴,比干谏而死 ) 。孔子评价说: “殷有三仁焉 ...
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组学“-omics”的由来
胡耿 2020-4-24 22:45
近日看文献,A comprehensive overview of bull sperm-borne small non-coding RNAs and their diversity across breeds(Sellem et al., Epigenetics Chromatin, 2020),里面有一句话“Detailed studies of the sperm miRnome have also been undertaken in several species, including humans, mice, horses ...
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比较基因组学与几个易混的概念similarity,analogy,homology,orthology,paralogy
胡耿 2020-4-20 21:56
主要摘抄自樊龙江老师的《生物信息学札记》(第三版),略有删改。 比较基因组学是基因组学的重要分支,它是随着人类和其它生物基因组的大规模测序发展起来的新科学,现已成为研究生物基因组最重要的策略与手段之一。 与比较解剖学、比较组织学等学科一样,比较基因组学是遗传学的重要方法,特点是在整个基因组 ...
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对基因组的认知过程:从遗传图谱、物理图谱到基因组图谱
胡耿 2020-4-20 21:47
以下摘抄自樊龙江老师的《生物信息学札记》(第三版),略有删改。 基因组测序是涉及 DNA 的大规模测序,是一项如同“曼哈顿登月计划”的庞大工程,是人类冲破重重技术障碍取得的又一次巨大进步。根据当时的技术水平,人类还无法对基因组这样的复杂 DNA 大分子直接进行测序,只能采取分而治之的测序策略,即将基因组 ...
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生物信息学与数据库
胡耿 2020-4-20 21:40
以下摘抄自樊龙江老师的《生物信息学》(第三、四版),略有删改。 生物信息学是统计学和计算机科学在分子生物学领域应用的一门学科。生物信息学最初的使用始于上世纪八十年代的晚期,主要集中在基因组学和遗传学领域,特别是基因组DNA大规模测序出现后。生物信息学的根本目标是增加对生物学过程的认识,具体而言,它 ...
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[转载]传统毒理研究+转录组的范例(文后点评)
胡耿 2020-4-13 21:25
镉毒害对二倍体小麦的影响及镉响应的分子机制 Qiao K, Liang S, Wang F, Wang H, Hu Z, Chai T. Effects of cadmium toxicity on diploid wheat (Triticum urartu) and the molecular mechanism of the cadmium response . Journal of hazardous materials, 2019, 374: 1-10. 摘自美吉生物论坛 http://interac ...
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转录组分析之差异基因筛选:FoldChange+FDR控制
胡耿 2020-4-11 22:26
在做转录组分析的时候,对于差异基因筛选中用到的p-adjust不太理解,故从网上搜罗了一些相关资料(已注明出处)。 在利用数据比较分析两个样品中同一个基因是否存在差异表达的时候,一般选取两个标准: i)FoldChange FoldChange,就是两样品中同一个基因表达水平的变化倍数。可以用RPKM、FPKM或TPM值来计算。实验 ...
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植物的顶替生长
胡耿 2020-4-10 00:09
还是那株右旋生长的藤蔓植物,不小心弄断了它的顶端,而顶端是植物的增生组织,对其生长具有重要作用,没有了顶端,它该怎么办呢?首先,它把损伤的顶端螺旋弯曲(注意还是右旋),逐渐退化,大约花费5-6天时间;期间,从顶端临近的一个腋窝部位生长出一个叶芽,用来替代损伤的顶端。估计其中也涉及相关基因的调控,在基因 ...
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