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- [转载]简单明了认识箱线图
- 箱形图（英文： Box plot ），又称为盒须图、盒式图、盒状图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图 ， 在各种领域也经常被使用，常见于品质管理，快速识别异常值。箱形图于 1977 年由美国著名统计学家约翰·图基（ John Tukey ）发明 ，能够 显示出一组数据的最大值、最小值、中位数 ...
- 盲肠和阑尾在不同物种的结构和功能比较
- 上面三图分别展示了人、兔、鸡的盲肠，差异非常大，但可以总结出规律： 兔以草食性为主，纤维含量高，需要比较大的盲肠空间容纳半消化的食物，因此盲肠最为显著，几乎与体长相同，体积占整个消化道的50%；鸡杂食性，摄食少量青草、草籽等，盲肠较小；人的食物最为丰富可口，盲肠退化，但仍是肠道微生物的聚集地之 ...
- [转载]代谢组分析中的过拟合(overfitting)问题
- 在代谢组分析中，对过拟合(overfitting)问题一直不太理解，看了知乎网友的回答，脑洞大开，复制黏贴没有味道，大家可以亲自看原文，在此只复制最经典的开篇的笑话： ---------------- 一個非洲酋長到倫敦訪問，一群記者在機場截住了他。 早上好，酋長先生， 其中一人問道：你的路途舒適嗎？ 酋長發出了一連串刺耳的 ...
- [转载]数据标准化简介
- 在对组学数据分析之前，我们常常需要根据数据量纲的不同以及分析方法的需要对数据进行各种预处理，也即数据标准化/规范化(normalization)。数据标准化的目的是使数据的总体符合某种要求，例如使数据总体符合正态分布以方便参数检验、使数据范围相同以方便比较分析、使数据分布均匀以方便作图展示等。我们必须知道不同标准 ...
- [转载]你真得明白RPKM, FPKM, TPM这三者的区别吗？
- 在高通量测序（比如RNA-seq）中很重要的一块就是检测基因的表达量，基因表达量计算和差异表达分析是转录组数据分析的基础。与qPCR类似，转录组数据基因表达量的衡量也是采用相对定量的方法。那么，到底该如何定量呢？ 假设通过比对得到了A,B,C,D四个基因在3个样本中的read counts，如下表，那么，可以用比对到参考基因的r ...
- 随机森林（Random Forest）介绍
- 一、随机森林（Random Forest）的进化 随机森林本质上属于机器学习的一大分支——集成学习（Ensemble Learning），是将许多棵决策树（Decision Tree）整合成森林并用来预测最终结果的方法。 上世纪八十年代Breiman等人发明分类树的算法，通过反复二分数据进行分类或回归，计算量大大降低。2001年Breiman把分类树组合 ...
- [转载]DNA连接酶工作原理
- DNA连接酶（EC 6.5.1.1）以共价方式将DNA的磷酸骨架与平末端或配对的粘性末端连接起来，其作用是修复DNA分子中断裂的双链。 粘性末端与平末端示意图 在分子生物学中，它通常用于将限制性内切酶产生的DNA片段插入载体。商业连接酶提供含有ATP和Mg 2+ 的反应缓冲液，这两种物质对连接酶活性都是必不可少的。 ...
- [转载]T4 DNA连接酶
- T4DNA连接酶是一种封闭DNA链上切口的酶，借助ATP或NADP水解提供的能量催化DNA链的5'-PO4与另一DNA链的3'-OH生成磷酸二酯键。但 这两条链必须是与同一条互补链配对结合 的 ，而且必须是两条紧邻DNA链才能被DNA连接酶催化形成磷酸二酯键 。T4DNA连接酶不仅可以催化粘性末端之间或平滑末端之间的DNA的连 ...
- [转载]Tara Oceans研究项目——连发5篇Science文章，聚焦海洋微生物基因组学
- 由联合国环境署（UNEP）斥资，历时三年半（ 2009.11-2013.05 ）的 Tara Oceans Expedition 告一段落，在 Science 杂志上以封面形式重磅发布其研究成果，通过 5 篇论文揭开海洋微生物的神秘面纱。 为研究全球变暖对海洋生物多样性的影响，科学家们横跨大西洋、太平洋、南极和印度洋70000英里海域，探究浮游生 ...
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