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antismash 本地安装教程: 周亮亮 2020-7-4 20:50; antismash 安装教程写在前面： antismash 软件需要的依赖包很多，本地安装很麻烦，我也是安装了两三天才搞定，所以把安装心得和遇到的问题记录下来，网上的 antismash 的安装教程比较多，不过基本上是使用 Conda 辅助安装。 Conda 辅助安装会有很多问题，我尝试了很多次，都是卡在最后一步，所以 ...; 个人分类: 生物信息|9152 次阅读|没有评论

基于单个模板的乳酸脱氢酶进行建模--Modeller基础教程: 周亮亮 2020-3-24 22:52; 写在前面，modeller软件的安装可以参考官网，我这里使用的Ubuntu系统，这个例子的数据文件可以从官网下载。 1、将蛋白质序列输入文件配置为modeller的文件格式首先，必须将目标蛋白质序列设置为可由MODELLER读取的PIR格式（文件后缀'.ali'） P1;TvLDH sequence:TvLDH:::::::0.00: ...; 个人分类: 生物信息|3305 次阅读|没有评论

批量下载某一物种的基因序列: 周亮亮 2019-10-16 10:25; 我们在做比较基因组学时会需要下载一些物种的同源基因序列，如果下载几十个菌株的序列，一个一个下载会很麻烦，所以这里我们进行批量下载，这里我们以解淀粉芽孢杆菌（ bacillus amyloliquefaciens ）为例。首先在NCBI上搜索 bacillus amyloliquefaciens ：在搜索结果里，我们可以选择查看该菌株的 ...; 个人分类: 生物信息|10215 次阅读|没有评论

GitHub基础教程: 周亮亮 2019-10-14 15:15; GIthub的少数文件上传操作一般GitHub不能保存比较大的文件，所以我们一般用来保存我们项目中的一些脚本命令行等等首先服务器上需要有git软件，git下面有很多子命令: usage: git ] ...; 2279 次阅读|没有评论

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