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置顶 · 2019.01-2020.1笔记整理总结
热度 9 2020-2-1 19:29
2019.01-2020.1 笔记整理总结 作为听党指挥的好孩子,正在尽自己所能做好个人职责:自春节过后到现在,除了倒垃圾就没出过门 …… 焦虑年后各种危机重重,算了不去想了想再多也没用,希望一切都往好发展吧。 2020 ,加油! 趁现在大把的时间,整理了一下过去一年写的笔记。第一篇是 19 年年初写的 ...
个人分类: 无分类|6683 次阅读|12 个评论 热度 9
基于16S的细菌群落功能预测工具Tax4Fun2(Tax4Fun的升级版)
刘尧 2020-2-14 19:18
基于 16S 的细菌群落功能预测工具 Tax4Fun2 回想第一次接触微生物组分析时是 2017 年,那会儿主流的两个基于 16S 的细菌群落功能预测工具就是 PICRUSt 和 Tax4Fun ,均可以获得类似于宏基因组的功能丰度数据。 不过当时来看 Tax4Fun 更推荐一些, Tax4Fun 以 SILVA 数据库的 ...
个人分类: R统计分析|2411 次阅读|没有评论
支持向量机分类及在R中实现
刘尧 2020-2-7 13:25
支持向量机分类及在 R 中实现 支持向量机( Support Vector Machine , SVM )是一类可用于分类和回归的有监督机器学习模型。 本篇简介 SVM 的分类功能。 SVM 分类原理 已知一个数据集包含 M 个对象 N 个变量,这些对象可划分为两类别。如果将对象以点绘 ...
个人分类: R统计分析|1363 次阅读|没有评论
决策树的分类模型以及对重要变量的选择及R操作
刘尧 2020-2-4 20:48
决策树的分类模型以及对重要变量的选择及 R 操作 何为决策树,比方说下面这种。 当然这个判断依据是我瞎画的,真实情况可能不是这样, 看看就好别较真 …… 总之在这个非常时期,好好听党和政府的话,尽可能不要外出就可以了。 尽管内心 OS : 好了回到正题,上述 ...
个人分类: R统计分析|2141 次阅读|没有评论
R语言中的判别分析方法
刘尧 2020-1-12 10:30
R 语言中的判别分析方法 判别分析( Discriminant analysis )用于基于一个或多个预测变量来预测对象属于某个给定类的概率,它对于连续或分类预测变量均适用。与 logistic 回归相比,判别分析在处理多分类问题时更稳健。 几种常见的判别分析类型主要如下。 线性判别分析 ( Linear dis ...
个人分类: R统计分析|2853 次阅读|没有评论
clusterProfiler的纯无参自定义物种注释的GO、KEGG富集分析及GSEA
刘尧 2020-1-8 23:22
R 包 clusterProfiler 的纯无参自定义物种注释的 GO 、 KEGG 富集分析及 GSEA 首先感谢水生 所 沈梦圆 师 姐,帮忙解决了困扰已久的问题 。 问题就是怎样作无参(数据库中完全没有关于该物种或其近缘种的注释信息)时的 GO 、 KEGG 富集分析。 Y 叔的 clusterProfiler 包 ...
个人分类: R统计分析|3642 次阅读|没有评论
R包ropls的PCA、PLS-DA和OPLS-DA
热度 1 刘尧 2020-1-5 21:53
R 包 ropls 的 PCA 、 PLS-DA 和 OPLS-DA 在代谢组学分析中经常可以见到主成分分析( PCA )、偏最小二乘判别分析( partial least-squares discrimination analysis , PLS-DA )、正交偏最小二乘判别分析( orthogonal partial least-squares discrimination analysis , OPLS-DA )等 ...
个人分类: R统计分析|7379 次阅读|4 个评论 热度 1
多元因子分析(MFA)及其在R中实现
刘尧 2019-12-28 10:08
多元因子分析( MFA )及其在 R 中实现 多元因子分析( multiple factor analysis , MFA )是主成分分析( PCA )的扩展,旨在描述多组变量集的相互关系( Escofier and Pagès, 1990 )。通过平衡每组变量的影响,综合各组变量集的贡献确定对象之间的距离,分析由几组变量共同描述的对象特 ...
个人分类: R统计分析|2862 次阅读|没有评论
R语言执行RLQ分析和第四角分析
刘尧 2019-12-23 20:36
R 包 ade4 的 RLQ 分析和第四角分析 通过使用物种功能代替其种类属性,更有助于提高对生态群落结构的见解。物种性状通常是适应环境的产物,同时也可反作用于环境,进而可能影响群落结构和生态系统功能。因此,识别物种性状与环境的关系是功能生态学的一个关键问题。 这种情况下,在对群落的测量中 ...
个人分类: R统计分析|1661 次阅读|没有评论
协惯量分析(CoIA)及其在R中的实现
刘尧 2019-12-19 22:02
协惯量分析( CoIA )及其在 R 中的实现 协惯量分析( co-intertia anaysis , CoIA )是一种对称融合排序方法,用于衡量两组数据集之间的一致性( Dolédec and Chessel, 1994 )。 CoIA 概述 CoIA 过程可概括如下。 分别在变量矩阵 X 和 Y ( X 、 ...
个人分类: R统计分析|1561 次阅读|没有评论
R包vegan的主响应曲线(PRC)
刘尧 2019-12-15 20:41
R 包 vegan 的主响应曲线( PRC ) 主响应曲线( principal response curve , PRC )是重复测量设计中多元响应冗余分析的一个特例,最初被提出用于生态群落的研究中,比传统的约束排序更容易解释( van den Brink and ter Braak, 1999 )。经过一系列拓展,目前已经广泛用于研究多元响应试 ...
个人分类: R统计分析|1373 次阅读|没有评论

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