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置顶 · 2019.01-2020.1笔记整理总结
热度 9 2020-2-1 19:29
2019.01-2020.1 笔记整理总结 作为听党指挥的好孩子,正在尽自己所能做好个人职责:自春节过后到现在,除了倒垃圾就没出过门 …… 焦虑年后各种危机重重,算了不去想了想再多也没用,希望一切都往好发展吧。 2020 ,加油! 趁现在大把的时间,整理了一下过去一年写的笔记。第一篇是 19 年年初写的 ...
个人分类: 无分类|6711 次阅读|12 个评论 热度 9
关于二代测序中duplication占比问题的探讨
刘尧 2020-1-27 10:19
关于二代测序中 duplication 占比问题的探讨 首先来说一下什么是 duplication 。二代测序所获得的测序 reads 序列 ,将它们比对到基因组上,如果出现了完全匹配在基因中同一位置的 reads ,那么它们就是 duplication 。另一种通俗的理解,出现了碱基组成完全一致的 reads 就是 duplication (这个定义不 ...
个人分类: 概述|1670 次阅读|没有评论
结构方程模型(SEM)简介
热度 3 刘尧 2020-1-2 20:31
结构方程模型( SEM )简介 自然或社会现象是复杂的,但在研究中经常将其简化为简单的模型,类似 y~x 这样的形式。当然并不是说这种简单模型有什么问题,只是有些情况下 y 实际上并非 x 的直接作用结果, y 通常受到许多直接和间接因素的影响,这些因素之间也存在广泛的相互作用。毫无疑问,如 ...
个人分类: 概述|9717 次阅读|5 个评论 热度 3
对应分析(CA)和去趋势对应分析(DCA)简述
刘尧 2019-11-19 22:15
对应分析( CA )和去趋势对应分析( DCA )简述 对应分析( Correspondence Analysis , CA ,或称 Reciprocal Averaging , RA ),是一种单峰非约束排序方法,在生态学数据分析中常使用它计算样方与物种之间的对应关系。排序空间中,样方或物种之间的距离用 χ 2 距离表示,与 PCA ...
个人分类: 概述|4401 次阅读|没有评论
Beta多样性和生态相似性
热度 1 刘尧 2019-8-25 21:15
Beta 多样性和生态相似性 Beta 多样性( β 多样性, Beta diversity ),即在一个梯度上从一个生境到另一个生境所发生的种的多样性变化的速率和范围,它是研究群落之间的种多度关系。 Beta 多样性本身代表了一个复杂的问题,可以被视为物种更替(物种沿空间、时间或环境梯度的定向过程)或物 ...
个人分类: 概述|5430 次阅读|1 个评论 热度 1
网络分析概述之微生物互作(生态)网络简介
热度 2 刘尧 2019-8-17 11:45
微生物互作(生态)网络分析简介 基于网络的分析方法被广泛地应用于数学、计算机学、社会科学和生物学等领域,可以用来探究学校中的社团、计算机网络中的节点、食物网中的物种、代谢通路中的蛋白质之间的相互作用。 关于网络基础简介 点击查看前文 。 生物系统通常表示为复杂的二元相互作用集或 ...
个人分类: 概述|9748 次阅读|2 个评论 热度 2
网络分析概述之网络拓扑属性-网络特征
热度 1 刘尧 2019-8-17 11:44
网络分析概述之网络拓扑属性 - 网络特征 前述 网络简介 中提到,在数学中,“网络”( networks )通常被称为“图”( graphs ),一个图 G=(V,E) 是一种包含“节点”集合 V 与“边”集合 E 的数学结构,其中 E 的元素是不同节点的无序组合 {u,v} , u,v ∈ V 。同时,对网络 ...
个人分类: 概述|4411 次阅读|1 个评论 热度 1
网络分析概述之网络拓扑属性-节点和边特征
热度 1 刘尧 2019-8-17 11:44
网络分析概述之网络拓扑属性 - 节点和边特征 前述 网络简介 中提到,在数学中,“网络”( networks )通常被称为“图”( graphs ),一个图 G=(V,E) 是一种包含“节点”集合 V 与“边”集合 E 的数学结构,其中 E 的元素是不同节点的无序组合 {u,v} , u,v ∈ V 。 ...
个人分类: 概述|5841 次阅读|4 个评论 热度 1
网络分析概述之网络基础简介
刘尧 2019-8-17 11:44
网络分析概述之网络基础简介 网络基础概述 什么是网络,及其基本结构 在数学中,“网络”( networks )通常被称为“图”( graphs ),关于图研究的数学领域称为“图理论”( graph theory )。网络图中的基本元素是节点和边,构建网络图时,我们将对象称为“节 ...
个人分类: 概述|3241 次阅读|1 个评论
简单聊一下生态学数据分析中的数据转化
刘尧 2019-6-23 19:05
简单聊一下生态学数据分析中的数据转化 本人菜鸡一枚,写这样的博文还是很冒险的。要是觉得有问题的地方,还是以自己的理解为准,别被我带偏了 …… 在生态学数据分析中,我们有时会在分析前首先对数据作一些转化,并使用转化后的数据而非原始测量数据进行更进一步的统计分析。那么,为什么要对数据作 ...
个人分类: 概述|4141 次阅读|没有评论
约束排序概述之变差分解
刘尧 2019-6-1 19:17
约束排序概述之变差分解 生态学研究中,属于不同类别的两组或两组以上解释变量共同解释一组响应变量的现象非常常见,如果这些解释变量之间存在某些联系,那么解释变差将由密不可分的多个解释变量所共享。 当存在两个或更多解释变量时,我们可能对它们中的每一个所能解释的变差产生兴趣。有时不仅仅控制 ...
个人分类: 概述|3598 次阅读|1 个评论

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