棉花优异SSR标记的开发与应用

吴玉珍，黄龙雨，周大云，付小琼，李超，魏守军，彭军，匡猛

（中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室郑州大学研究基地，郑州 450001）

【目的】开发一套适用于棉花品种DNA指纹库构建与品种真实性鉴定的单拷贝优异SSR标记引物组合。同时，为实现多平台兼容，提高检测效率，本研究对多重链式酶反应（PCR）体系进行优化。

【方法】基于陆地棉参考基因组及48份棉花基础种质的10倍重测序数据，筛选具有多态性的单拷贝简单重复序列（SSR）位点，开发二倍体化SSR标记。利用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和荧光毛细管电泳技术分别进行引物初筛和复筛，并用210份不同来源的国家棉花区试样品对筛选出的核心SSR标记组合进行评估与验证。

【结果】采用生物信息学的手段，从26 626个单拷贝SSR位点中设计合成1 246对引物。采用初筛加复筛的分步筛选策略，优选了扩增高效稳定、峰型易判读、等位变异多、PIC值高、在各染色体上分布均匀、单拷贝的SSR引物60对，建立了同时使用10对引物筛选的PCR体系。

【结论】开发了一套棉花优异SSR标记引物，建立了高通量SSR标记检测体系，为标准化、规模化构建棉花品种DNA指纹库及鉴定品种真实性奠定了基础。

关键词：棉花；SSR标记；品种鉴定；DNA指纹库

Title: Development and application of perfect SSR markers in cotton

Author: WU Yuzhen, HUANG Longyu, ZHOU Dayun, FU Xiaoqiong, LI Chao, WEI Shoujun, PENG Jun & KUANG Meng

Journal of Cotton Research. 2020; 3: 21

https://jcottonres.biomedcentral.com/articles/10.1186/s42397-020-00066-0