crilqy的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/crilqy

博文

[棉花学报]利用WGCNA进行棉花果枝节间伸长相关基因共表达模块鉴定

已有 464 次阅读 2019-11-1 08:52 |系统分类:论文交流

利用WGCNA进行棉花果枝节间伸长相关基因共表达模块鉴定


摘要:【目的】旨在进行棉花果枝节间伸长相关基因的共表达模块鉴定,研究基因整体表达规律,挖掘目标基因及候选基因。【方法】以两个株型结构差异显著的棉花品种(新陆中77和鲁棉研28)的18份不同长度果枝节间样本的转录组数据作为分析对象,通过权重基因共表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)进行模块的划分,根据模块功能富集分析及基因表达模式进行特异性模块的筛选及枢纽基因的鉴定,利用Cytoscape_3.3.0进行加权基因共表达网络图的绘制。【结果】利用34 559个有效基因创建了共表达网络,划分为13个共表达模块,筛选得到Cyan模块为与棉花果枝节间伸长相关的特异性模块,并发现植物激素信号转导通路中的JAZ(Jasmonate-zim-domain protein)基因为该模块的枢纽基因,挖掘到80个潜在的候选基因,并用其构建了基因互作调控网络。【结论】JAZ类基因在抑制棉花果枝节间伸长生长过程中发挥着重要的作用,本研究结果可为棉花果枝节间伸长的调控机理研究提供数据支持,为进一步调控棉花株型结构奠定理论基础。


关键词: 加权基因共表达网络分析; 棉花; 节间伸长; 转录组


作者:巨飞燕,张思平,刘绍东,马慧娟,陈静,葛常伟,沈倩,张小萌,刘瑞华,赵新华,张永江,庞朝友


棉花学报, 2019, 31(5): 403-413


https://doi.org/10.11963/1002-7807.jfypcy.20190904




http://blog.sciencenet.cn/blog-3405953-1204332.html

上一篇:[棉花学报]棉花FAD2-1基因的RNAi载体构建及高油酸新种质的获得
下一篇:[JCR]比较转录组分析揭示若虫期拥挤效应诱导的棉蚜翅非遗传多型性潜在分子机制

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备14006957 )

GMT+8, 2019-12-6 11:58

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部