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ubuntu中安装tqDist

2018-7-28 15:15

安装教程及其他参考 http://users-cs.au.dk/cstorm/software/tqdist/ 具体如下： wget http://users-cs.au.dk/cstorm/software/tqdist/files/tqDist-1.0.1.tar.gz cd path-to-file tar -xvf tqDist-1.0.1.tar.gz cd ./tqDist-1.0.1/ cmake . make make test make install 若没有安装cmake ...

个人分类: 生物统计软件|1695 次阅读|没有评论

ubuntu中安装cmake

2018-7-27 20:14

首先介绍一下cmake cmake所做的事其实就是告诉编译器如何去编译链接源代码。你也许想问不是有makefile吗，为什么还要它？这里就牵涉到跨平台问题。在windows平台下是通过project文件去管理这些的，如果不用cmake，那我们为window和linux系统就要写对应的project文件和makefile文件，这无疑是一件繁琐的事，而我们只要 ...

个人分类: 常用软件|3314 次阅读|没有评论

使用QIIME分析微生物群落的16S rRNA序列（fastq格式序列）

2018-5-31 10:01

参考 http://nbviewer.jupyter.org/github/biocore/qiime/blob/1.9.1/examples/ipynb/illumina_overview_tutorial.ipynb https://forum.qiime2.org/t/qiime2-chinese-manual/838 下载数据 创建文件夹emp-single-end-sequences： mkdiremp-single-end-sequences fastq格式的序列文件： ...

个人分类: 生物统计软件|6088 次阅读|没有评论

R语言中安装biom包，读取.biom文件

2018-5-29 10:39

biom格式介绍 http://biom-format.org/ biom格式与txt格式转换 http://biom-format.org/documentation/biom_conversion.html 由于R-3.3.1无法直接使用 install.packages(biom) 安装该包，故采用如下方法安装 在 https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/biom/ 下载biom_0.3.12.tar.gz，或在 ...

个人分类: 生物统计软件|21650 次阅读|没有评论

使用QIIME分析微生物群落的16S rRNA序列(fasta格式序列)

2018-5-26 19:02

参考文章Kuczynski J, Stombaugh J, Walters W A, et al. Using QIIME to analyze 16S rRNA gene sequences from Microbial Communities . Current protocols in bioinformatics / editoral board, Andreas D. Baxevanis. , 2011, Chapter 10:Unit 10.7. 以及 http://qiime.org/tutoria ...

个人分类: 生物统计软件|16962 次阅读|没有评论

Greengenes Database 13_5 介绍

2018-5-25 16:05

Greengenes Database官方网站: http://greengenes.secondgenome.com 。 本篇文章为13_5版本中的文件00README中的部分内容，此处主要给出文件列表及其说明，更详细的请参阅附件或在 http://greengenes.secondgenome.com/downloads/database/13_5 下载。 gg_13_5.fasta.gz（265756 KiB）全部未比对的 ...

个人分类: 生物数据|10798 次阅读|没有评论

Ubuntu中安装QIIME2

2018-5-23 14:09

官方网站 https://docs.qiime2.org/2018.4/ 中文安装帮助文档 https://forum.qiime2.org/t/qiime2-chinese-manual/838 安装教程 https://blog.csdn.net/metlab_work/article/details/77920279 此处为按照教程安装的情况以及出现的问题 前期准备 ： 进入Ubuntu系统，保持网络畅通 过程中出现有 ...

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