原文教程：http://chem.wayne.edu/schlegel/Software/oniomtoolTAO/TAOtutorial.html

做QM/MM时，有时结构的原子太多，用gaussview处理时，会出现长时间卡顿，着实恼人，Tao是用命令行操作，可以与gaussview配合使用，提高效率。

程序功能：

1.将PDB文件转成gjf文件（pdb2oniom --help）

2.将系统的中一部分截取（pdbcore）

3.检查不正确的连接方式，前提是gjf里写了connectivity信息（checkconnect）

4.计算高层和低层所带电荷（chargesum）

5. 使用gaussian报错log文件自动补全缺失的参数如键长和键角等（parmlookup)，但缺失的原子范德华半径需要手动查找补全

 例： parmlookup -g mmp2_partial_r_06.log -o mmp2_partial_r_06_parm.txt

mmp2_partial_r_06_parm.txt文件即可复制到gjf文件中的末尾。注意，有些无法完全匹配amber力场文件的原子，不能补全，参数以0.000表示，需要手动补全。

amber力场文件里的原子类型多种多样，其含义参考

http://ambermd.org/antechamber/gaff.html#atomtype    （GAFF力场小写原子）

http://www.chem.cmu.edu/courses/09-560/docs/msi/ffbsim/B_AtomTypes.html （AMBER力场大写原子）

补全参数时应搞清楚各原子杂化方式，对应于相似的原子类型。