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置顶 · 用AutoDock进行分子对接教程——半柔性对接

热度 2 2017-12-20 20:58

以下所有内容均属于个人学习过程中的总结，如有错误，欢迎批评指正！ Autodock 分子对接教程 First release：2017-12-20 Last update: 2018-07-24 Autodock 是一款分子对接软件包，开源且免费，官方网址是 http://autodock.scripps.edu/ ，目前最新的版本是 AutoDock 4.2.6 ，包括 ...

个人分类: 软件学习|35934 次阅读|5 个评论热度 2

Linux中快速创建大量文件夹的命令

杜文义 2018-8-7 15:38

以下所有内容均属于个人学习过程中的总结，如有错误，欢迎批评指正！ Linux下快速创建大量文件夹的命令 First release：2018-08-07 Last update: 2018-08-014 在linux使用过程中有时会需要创建大量的文件夹，创建文件夹的命令是mkdir 内容如下，直接在shell ...

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AMBER中mdout_analyzer.py和ambpdb的使用

杜文义 2018-7-22 16:17

以下所有内容均属于个人学习过程中的总结，如有错误，欢迎批评指正！ AMBER中 mdout_analyzer.py 和 ambpdb 的使用 First release：2018-07-22 Last update: 2018-07-22 本文内容基于Amber最新版本Amber18 mdout_analyzer.py 是快速分析sander和pmemd计算得到的out文 ...

个人分类: 技术交流|6017 次阅读|没有评论

Amber和Gaussian联用计算RESP原子电荷

杜文义 2018-3-17 20:06

以下所有内容均属于个人学习过程中的总结，如有错误，欢迎批评指正！ Amber和Gaussian联用计算RESP原子电荷 First release：2018-03-17 Last update: 2018-07-22 原子电荷，顾名思义就是位于原子中心点的电荷，是对体系中电荷分布最为简单的描述。原子电荷可以帮助化学研究者们考察 ...

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批量下载Zinc数据库中小分子

杜文义 2018-1-31 15:19

以下所有内容均属于个人学习过程中的总结，如有错误，欢迎批评指正！批量下载Zinc数据库中小分子的方法 First release：2017-01-31 Last update: 2018-01-31 Zinc数据库不用多说，大多数化学研究的工作者都“如雷贯耳”，但是真正使用过的人却很少，本文为大家介绍下载Zinc数据库中的小分 ...

个人分类: 软件学习|15617 次阅读|没有评论

用AutoDock进行分子对接教程——柔性对接

杜文义 2018-1-31 11:29

以下所有内容均属于个人学习过程中的总结，如有错误，欢迎批评指正！ Autodock 分子对接教程 First release：2017-01-31 Last update: 2018-01-31 Autodock 是一款分子对接软件包，开源且免费，官方网址是 http://autodock.scripps.edu/ ，目前最新的版本是 AutoDock 4.2.6 ，包括 Aut ...

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用Amber进行能量分解和计算结合自由能——MMPBSA工具

杜文义 2018-1-13 11:15

以下所有内容均属于个人学习过程中的总结，如有错误，欢迎批评指正！用Amber进行能量分解和计算结合自由能 First release：2018-01-13 Last update: 2018-03-17 Amber是一款适用于生物大分子的动力学模拟的软件，其官方网站是 http://ambermd.org/index.html ，目前最新版本为Amber17 ...

个人分类: 技术交流|13245 次阅读|没有评论

如何做出漂亮的序列比对图——ENDscript/ESPript

杜文义 2017-12-16 20:57

以下所有内容均属于个人学习过程中的总结，如有错误，欢迎批评指正！如何做出漂亮的序列比对图——ENDscript/ESPript First release：2017-12-16 Last update: 2018-03-17 大家经常在文献中看到非常好看的序列比对图，现在笔者将目前见过的最好看的序列比对图的作图方法作分享，希望对大家的科研 ...

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采用Modeller进行同源建模_单模板建模

杜文义 2017-12-14 21:00

以下所有内容均属于个人学习过程中的总结，如有错误，欢迎批评指正！ First release：2017-12-14 Last update: 2018-01-11 Modeller是一款比较优秀的同源建模软件，包括单模板和多模板建模，Discovery Studio软件中就是采用的Modeller建模模块。Modeller目前最新的版本是9.19，下载网 ...

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计算表面静电势_APBS工具

热度 1 杜文义 2017-12-14 20:59

以下所有内容均属于个人学习过程中的总结，如有错误，欢迎批评指正！ First release：2017-12-14 Last update: 2018-03-17 APBS工具是一种可以绘制表面静电势的工具，目前在多个软件中均有APBS的插件，如VMD、PyMOL等，但是笔者都使用过这些工具，发现Chimera软件的APBS工具是最方便的，效果图 ...

个人分类: 软件学习|9989 次阅读|1 个评论热度 1

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