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m6A领域必读的40篇文章(非综述类,何川就占了6篇,杨运桂4篇) 精选

已有 2070 次阅读 2017-11-28 04:52 |个人分类:领域分析|系统分类:观点评述|关键词:m6A,何川,杨运桂,40篇文章,RNA修饰,FTO,WTAP,ALKBH5,METTL,YTHDC1

iNature:RNA甲基化修饰最近几年成为了热点,尤其是N-6-methyladenosine(m6A)修饰,这从中科院等机构发布的2017年前沿,最近几年的自然科学基金项目及发表的文章可以看出。iNature编辑部也查看了m6A相关的文章,总共有859篇(非综述类,同时排除不相关的文章),同时也是从2013年开始出现井喷现象,迅速爆发,我们发现这些文章的总引用量是17660,施引文章是8776篇;紧接着我们统计了引用量最高的40篇文章,发现总引用量是7898次。非常的有趣,这40篇占到总引用率的44.73%,但是文章只是总文章的4.66%,说明这些文章非常的有影响力,故我们着重介绍这40篇文章。



1怎么找到长m6A相关的文章


由于使用百度很难搜索到可靠的英文文章,故在这里,小编推荐使用雅虎搜索引擎,在搜索栏里面输入web of science这几个关键词,得到以下界面(图.1)。


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图1. 网页的打开


再次,进入web of science网站(这个网站是要收费的,一般综合性大学及中科院会购买),得到了以下的界面(图.2)。



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图2.Web of Science界面



在界面输入m6A或者是N-6-methyladenosine关键词,选项栏选择“主题”(图.3)。


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图.3 搜索m6A文章


点击检索,之后去除综述及排除不相关的文章总共得到859篇文章,这些文章都是高度同m6A相关。




2859篇文章的分析



对于这859文章进行分析,我们发现总引用率是17660次,去除自引,有13618次,施引文章是8776篇,去除自引有8326篇(图.4)。



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图.4  859篇文章引用情况


我们再看一下,不同时间对于m6A的引用情况,发现2012年前,m6A引用非常低,2012年引用量是505次,2013年引用量是689次,2014年是1154次,2015年1706次,2016年是3115次,2017年3846次(图.5  )。

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图.5  859篇文章不同时间段引用情况


之后我们看了引用率排名前40篇文章的引用情况,发现这40文章的总引用是7898次,去除自引是7759次(图.6)。



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图.6 核心40篇文章引用情况


我们再看看这40篇文章各个时期的引用情况,我们发现2012年引用量是207,2013年引用量为,328次,2014年624次,2015年906次,2016年1555次,2017年1600次图.7


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图.7 40篇文章不同时间段引用情况


非常的有趣,这40篇占到总引用率的44.73%,但是文章只是总文章的4.66%,说明这些文章非常的有影响力,故我们着重介绍这40篇文章。




340篇文章的分析



我们通过分析,美国占了23篇;中国7篇;以色列4篇;英国及加拿大都是2篇;德国及澳大利亚都是1篇(图.8

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图.8 40篇文章的国家分析


我们通过机构分析,发现芝加哥大学都是6篇文章;其次是中国科学院有4篇文章;康奈尔大学3篇(图.9)。


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图.9 40篇文章的大学或研究所分析(第一单位)


我们在统计了这40篇文章发在什么杂志上,非常的有趣,在Nature居然达到了9篇;NATURE CHEMICAL BIOLOGY是7篇;CELL是4篇;NUCLEIC ACIDS RESEARCH是3篇(图.10)。总的来说,Nature及其子刊比较喜欢发表m6A的文章,另外Cell也不示弱。很奇怪,对于Science这一次,对于m6A不是很感冒。

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图.10  40篇文章所发杂志分析


我们在统计了这40篇文章发表的时间,发现在2011年以前,只有5篇;2011年居然达到了1篇;2012年有3篇;2013年有6篇;2014年12篇;2015年有11篇,2016年有2篇。所以,我们认为,对于lncRNA领域,主要兴起于2013年以后,这个从2383篇文章中,也有类似的规律图.11)。另外,对于2016及2017年的分析,由于时间较短,故有一些经典的文章没有达到相应的引用量,不过,我们相信,过一段时间,对于2016及2017年的有些文章,肯定会脱颖而出。


470c000495d1cec5c153图.11  40篇文章发表时间统计


最后我们统计了通讯作者,发现何川 有6篇;杨运桂有4篇;Chang, Howard Y(张元豪),Jaffrey Samie ,MOSS B,Rechavi Gideon,Pan,Tao 都是2篇图.12


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图.12  40篇文章通讯作者统计




440篇文章列表




标题通讯作者来源出版物名称
1

Topology of the human and mouse m(6)A RNA methylomes

revealed by   m(6)A-seq

Rechavi, GideonNATURE
2

N6-Methyladenosine in nuclear RNA is a major substrate of

the obesity-associated FTO

He, ChuanNATURE CHEMICAL BIOLOGY
3

Comprehensive Analysis of mRNA Methylation Reveals

Enrichment in 3 ' UTRs   and near Stop Codons

Mason, Christopher ECELL
4

N-6-methyladenosine-dependent regulation of messenger

RNA stability

He, ChuanNATURE
5

ALKBH5 Is a Mammalian RNA Demethylase that Impacts

RNA Metabolism and   Mouse Fertility

He, ChuanMOLECULAR CELL
6

Genome-wide probing of RNA structure reveals active

unfolding   of mRNA structures in vivo

Weissman, Jonathan SNATURE
7

A METTL3-METTL14 complex mediates mammalian nuclear

RNA N-6-adenosine   methylation

He, ChuanNATURE CHEMICAL BIOLOGY
8

In vivo genome-wide profiling of RNA secondary structure  

reveals novel regulatory features

Assmann, Sarah MNATURE
9

Widespread occurrence of 5-methylcytosine in human coding

and   non-coding RNA

Preiss, ThomasNUCLEIC ACIDS RESEARCH
10

N-6-methyladenosine modification destabilizes developmental

regulators in   embryonic stem cells

Zhao, Jing CrystalNATURE CELL BIOLOGY
11

Mammalian WTAP is a regulatory subunit of the RNA

N6-methyladenosine   methyltransferase

Yang, Yun-GuiCELL RESEARCH
12

Pseudouridine profiling reveals regulated mRNA  

pseudouridylation in yeast and human cells

Gilbert, WVNATURE
13

N-6-methyladenosine-dependent RNA structural switches

regulate   RNA-protein interactions

Parisien, M;Pan, TaoNATURE
14

N-6-methyladenosine Modulates Messenger RNA Translation

Efficiency

He, ChuanCELL
15

m(6)A mRNA methylation facilitates resolution of naive

pluripotency toward differentiation

Hanna, Jacob HSCIENCE
16

Transcriptome-wide Mapping Reveals Widespread   Dynamic

Regulated Pseudouridylation of ncRNA and mRNA

Fink, GeraldCELL
17Structural imprints in vivo decode RNA regulatory mechanismsChang, Howard Y;NATURE
18

Dynamic m(6)A mRNA methylation directs translational

control   of heat shock response

Qian, Shu-BingNATURE
195 ' UTR m(6)A Promotes Cap-Independent TranslationJaffrey, Samie RCELL
205'-TERMINAL AND INTERNAL METHYLATED NUCLEOTIDE-SEQUENCES IN HELA-CELL   MESSENGER-RNAMOSS, BBIOCHEMISTRY
21

Perturbation of m6A Writers Reveals Two Distinct Classes of

mRNA   Methylation at Internal and 5 ' Sites

Lander, Eric S;Regev, AvivCELL REPORTS
22

Induction of sporulation in Saccharomyces cerevisiae leads to   the formation of N-6-methyladenosine in mRNA: a

potential mechanism for the   activity of the IME4 gene

Bokar, JANUCLEIC ACIDS RESEARCH
23RNA SHAPE analysis in living cellsSpitale, Robert C;Chang, Howard Y;NATURE CHEMICAL BIOLOGY
24

A link between FTO, ghrelin, and impaired brain food-cue

responsivity

Batterham, Rachel LJOURNAL OF CLINICAL INVESTIGATION
25

FTO-dependent demethylation of N6-methyladenosine

regulates mRNA splicing   and is required for adipogenesis

Yang, Yun-GuiCELL RESEARCH
26

MTA is an Arabidopsis messenger RNA adenosine methylase

and interacts   with a homolog of a sex-specific splicing factor

Fray, Rupert GPLANT CELL
27N-6-methyladenosine marks primary microRNAs for processingTavazoie, Sohail FNATURE
28

iRNA-Methyl: Identifying N-6-methyladenosine sites using

pseudo   nucleotide composition

Chen, Wei;Chou, Kuo-Chen;Lin, HaoANALYTICAL BIOCHEMISTRY
29

The fat mass and obesity associated gene (Fto) regulates

activity of the   dopaminergic midbrain circuitry

Bruening, Jens CNATURE NEUROSCIENCE
30

RNA motif discovery by SHAPE and mutational profiling

 (SHAPE-MaP)

Weeks, Kevin MNATURE METHODS
31

Single-nucleotide-resolution mapping of m6A and m6Am

throughout the   transcriptome

Jaffrey, Samie RNATURE METHODS
32

Probing N-6-methyladenosine RNA modification status at

single   nucleotide resolution in mRNA and long noncoding

RNA

Pan, TaoRNA-A PUBLICATION OF THE RNA SOCIETY
33Nuclear m(6)A Reader YTHDC1 Regulates mRNA SplicingYang, Yun-GuiMOLECULAR CELL
34IDENTIFICATION AND MAPPING OF N6-METHYLADENOSINE CONTAINING SEQUENCES IN   SIMIAN VIRUS-40 RNACANAANI, DNUCLEIC ACIDS RESEARCH
35

m(6)A RNA Methylation Is Regulated by MicroRNAs and

Promotes   Reprogramming to Pluripotency

Wang, Xiu-Jie;Yang, Yun-Gui;Zhou, QiCELL STEM CELL
36

NUCLEOTIDE-SEQUENCES AT N6-METHYLADENOSINE

SITES OF HELA-CELL MESSENGER   RIBONUCLEIC-ACID

MOSS, BBIOCHEMISTRY
37Structural basis for selective binding of m(6)A RNA by the YTHDC1 YTH   domainMin, Jinrong;He, Chuan;Xu, ChaoNATURE CHEMICAL BIOLOGY
38

Transcriptome-wide mapping of N-6-methyladenosine by m(6)A-seq based on   immunocapturing and massively parallel

sequencing

Rechavi, GideonNATURE PROTOCOLS
39

pRNAm-PC: Predicting N-6-methyladenosine sites in RNA

sequences via   physical-chemical properties

Xiao, XuanANALYTICAL BIOCHEMISTRY
40

Chemical pulldown reveals dynamic pseudouridylation of

the mammalian transcriptome

Yi, ChengqiNATURE CHEMICAL BIOLOGY


另外,我们再补充一篇,Oxidative demethylation of 3-methylthymine and 3-methyluracil in single-stranded DNA and RNAby mouse and human FTO(2008年,何川),这篇是m6A的起始篇。


:大部分数据参考Web of Science,另外也部分参考了由中科院等机构发布的2017年前沿。同时也非常的感谢中国科学院科技战略咨询研究院冷伏海及周秋菊俩位老师,能够提供mRNA甲基化修饰的参考文献,使我们编辑组得到了一些参考,对此表示非常的感谢。另外,对于这些文献,我们主要是参考web of science及2017年前沿,这些文章仅作参考。另外,也感谢交通大学张良老师提供的建议。





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3 孟佳 黄永义 李久煊

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