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Amber里对轨迹文件mdcrd进行reimage处理 2017-10-18
蛋白 + 溶剂的模拟,在 vmd 里看 mdcrd 时,会出现视觉上溶剂盒子跑飞掉的的效果,此时可对 mdcrd 做 image ,所用程序: cpptraj 方法: ...
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Amber里建立力场prmtop和inpcrd方法 2017-10-18
大概流程及思路,参考: http://ambermd.org/tutorials/pengfei/index.htm 具体操作方法: 目标:生成优化或者跑动力学时所需的力场 prmtop 文件和 ...
(6359)次阅读|(0)个评论
Amber里关于ambmask总结 2017-10-10
通过在A mber 的控制文件 &Cntrl 的 list 里写入某些 mask 关键词,可以进行限制性的优化或跑动力学。 amber 里可进行限制性的操作有: 1. 固 ...
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Gaussian高斯里计算resp电荷方法 2017-10-10
原理:高斯根据计算所产生的每个原子周围的静电势进行拟合,在高斯输出文件 log 文件里有 ESP 电荷,但是 ESP 电荷做的不够好,如对于 -CH3 基团,一 ...
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GMT+8, 2020-8-15 19:39

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