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[转载]R语言制作热图的一个小实例

2019-3-20 15:40

热图（heatmap）用不同的颜色和颜色的深浅来展示数据之间的差异，直观、美丽、大方，深受科研工作者的喜爱，尤其是转录组类的文章里，几乎必有一幅热图用来展示差异表达基因。很多工具都可以完成热图的制作，比如我们最常使用的excel；还有一款比较好用的制作热图的工具是CJ大神开发的工具TBtools，在公众号生信札记有比 ...

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[转载]16S测序分析系列（一）菌属丰度表获取

2019-3-20 10:14

Miseq 16S amplicon V3V4 PE300 测序是目前菌群结构谱研究最为常用的测序手段。本文将以此类测序的下机数据为例展示“如何从 Miseq 测序 数据中 快速提取 出可以用来统计分析的 菌属相对丰度表 ”的工作流程。该 丰度表 是做菌群研究最为基本的数据，要想发文章还必须做大量的统计分析。在以后的文章中我们会继续推出一 ...

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[转载]原来，CircRNA也可以这么分析

2019-3-19 10:52

环状 RNA （ circular RNAs, circRNA ）是一类由 mRNA 前体经反向可变剪切而来的共价闭合且保守的单链转录本，长度跨度从几十 bp 到几千 bp ， 在表观遗传及各种细胞过程中发挥重要作用。 circRNA 主要作用机制： (1) 能够通过 miRNA sponge 方式 作为一种内源性 ...

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[转载]如何选择合适的call SNP软件？

2019-2-13 16:21

说起基因组分析，人们第一想到的往往是作为黄金标准的GATK。GATK最新出到了4.0.12版本，准确度上有了进一步的提高，其引用率从2010年到现在更是达到了9000+，可见其受欢迎的程度。但是，随着技术的进步和大量生信人员发文章的需求，总会有一些软件出来挑战GATK的地位，本次笔者依据18年发表在SCIENTIFIC REPORTS的一篇文章 ...

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[转载]经验分享|GATK4 Mutect2与 GATK3 MuTect2的应用区别

2019-1-31 15:26

相信经常做 SNP 或者 SNV 突变位点研究的人，对 GATK 的名字一定很熟悉，它的全称是 Genome Analysis ToolKit ，是一款从高通量测序数据中分析变异信息的软件。 GATK 主要用于人类的全基因组和外显子组的测序数据，目前大部分数据来源于 Illumina 测序平台。当然，随着技术不断发展，现在也可以用于其他物种 ...

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[转载]肿瘤微卫星不稳定检测流程分享

2019-1-31 13:58

背景知识 先来谈谈背景知识，主要是微卫星不稳定性的概念以及其在肿瘤检测方面的临床意义。有分子生物学背景的人应该知道微卫星是DNA基因组中核苷酸的简单重复序列，又称短串联重复（SSR）。因为其长度由重复单位的拷贝数决定，具有高度多态性，因此是比较早期的遗传标记。微卫星不稳定性（microsatellite instability, ...

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[转载]共享文档连通linux和windows：samba服务配置

2019-1-14 14:53

局域网内两台或多台 windows 电脑之间可以共享文档，其操作也比较简单，但是缺点是需要开启共享的 windows 电脑经常处于开机状态。如果我们有一台不会经常关机的 linux 服务器，并想利用该服务器让所有 windows 用户在 linux 上有一块共享目录，那我们就需要配置 samba 服务来完成此功能。 安装和配 ...

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