autodock的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/autodock

博文

在MaterialStudio中构建Pd147方法

已有 2857 次阅读 2020-4-15 21:22 |个人分类:科研笔记|系统分类:科研笔记| Pd147, Pd55, 金属纳米团簇, 构建方法

     在计算金属纳米粒子催化的各类反应中常常需要构建各种类型的纳米金属团簇,本文将构建截断八面体Pd147结构的方法简单记录。具体构建过程如下:

1.      打开MS,view-explore bars,选择显示所有类型

2.      File-new project命名文件

3.      File-import-structures-metals-pure-metals-pd.msi(选择不同的金属种类可构建不同的金属纳米粒子),选中并打开

4.      CTRL+a选中所有原子

5.      Build-symmetry-supercell-supercell range A:6 B:6 C:6-create supercell

6.      Ctrl+A,选中所有原子,build-bonds-No bonding to s- and f- shell,-calculate,构建原子成键信息。

7.      右键   选中金属立方体体中心Pd原子,Edit-atom selection,select by property一栏选中 connected, selection mode选中add the existing selection。点击select,点击三次即能选中147个Pd原子(右下角properties中能看见自己选择原子个数,点击两次即为Pd55)。

8.      Edit-edit set-New set

9.      将这147个原子复制到一个新空白文档中。重复操作6,点击鼠标右键,选择display style,选择Ball and stick模式。

10.   后期可点击build-crystal-build crystal-lattice parameters-length(埃)a(28)b(28) c(28),此处定义为真空层。




https://blog.sciencenet.cn/blog-3349079-1228557.html

上一篇:MaterialStudio & Gaussian中构建反应过渡态输入文件的方法
收藏 IP: 119.4.253.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...
扫一扫,分享此博文

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-3-29 13:02

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部