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[10]张志英   2019-7-24 11:20
刘老师您好 我想看看您写的关于微生物互作网络图conet制作 那个博文 但是好像被屏蔽了 我想看看
[9]陶雪   2019-5-28 04:22
刘老师您好,请问一下,origin做柱状图组间连线怎么做的?谢谢。
[8]邹易阳   2019-2-27 14:40
刘老师,您好。我最近在学习CoNet网络分析作图,按照您写的流程。前两步(初建和置换)过程很顺利,没有问题。但是进行到bootstrap步骤时,不管怎么更换选项和分析方法,出来的结果始终显示nodes和edges为零。不知道是因为选项的问题还是数据本身导致的问题。还望老师您指点迷津,谢谢!
[7]许格希   2019-1-25 10:09
刘博士,您好。我在尝试进行扩增子分析流程,按照您在宏基因组上的分享进行:https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMjA4Njc1MA==&mid=2247483885&idx=1&sn=fb3bf1551621e49d8733104ec91223ae&scene=21#wechat_redirect,但是在网盘下载您提供的测序数据、实验设计与课程分析生成的中间文件(http://pan.baidu.com/s/1hs1PXcw)时发现已经被删除了,能否重新提供或发我邮箱xugexi@163.com,谢谢,祝好!
[6]蓝星杰   2018-7-24 22:00
刘老师您好,刚刚接触ggpubr这个R包,您关于ggpubr的博文我逐条学习,当进行到图4(增加不同组间的p-value值,可以自定义需要标注的组间比较)时,一直报错,提示内容如下: Don\'t know how to automatically pick scale for object of type quosure/formula. Defaulting to continuous. Don\'t know how to automatically pick scale for object of type quosure/formula. Defaulting to continuous. Error in validDetails.text(x) : \'pairlist\' object cannot be coerced to type \'double\') R命令都是按照博文内容复制,或者自行键入。还望老师您指点迷津。谢谢您!
[5]杜彩丽   2018-6-16 14:29
刘老师,您好,我在安装mvpart包时,还是提示安装失败,无法使用,请问下安装过程中需要注意什么细节吗?盼复,谢谢老师。
[4]何明珠   2018-4-5 00:06
刘老师,请问Vsearch在windows系统如何安装运行?谢谢!
我的回复(2018-5-18 09:17):看软件主页,下载就可用。有详细的说明。
我的回复(2018-5-18 09:17):看软件主页,下载就可用。有详细的说明。
我的回复(2018-4-20 17:37):安装exe程序,添加环境变量即可。
[3]李志明   2017-12-19 23:02
老师,我有个问题想请教您,我现在在做一个项目,由90个样本,测的宏基因组,我想对宏基因组的数据的contigs聚类成binning,该如何操作呢?
我现在的做法是将每个样品的fastq map to contigs,得到覆盖深度,在根据覆盖深度进行聚类(concoct软件),得到的binning在用checkM软件进行评估。现在的问题是,我的项目是多个样本,而我现在得到的binning是每个样本的bining,所以后续我不知道该如何整合起来。
我看到14年的nature method的方法是将所有阳样品的fastq文件组装成一个contigs,但是他没有提供具体的方法。
老师您能给我一些建议吗?
[2]liubin207702   2017-8-16 15:46
刘老师 您好有两个问题想请教您1、我刚开始学习Repbase数据库这方面的知识  小RNA分析时  去重复序列时  是直接和数据库中的fasta序列比对?
2、您有RepBase22.07.fasta.tar.gz文件么
我的回复(2017-8-17 07:25):这个文件我没用过,可以自己注册用户,自己下载。
我的回复(2017-8-17 07:25):你可以和repbase直接比。我是用repeatmasker注释物种的基因组,得到重复序列的位置,和基因类似。再比对small RNA到基因组上,按位置分为repeat, gene flank, intergenic, intron, exon等类型。
[1]陈栋炜   2017-8-14 10:57
刘老师,你好!一直跟着公众号宏基因组学习扩增子分析,但是在安装Cutadapt后,敲击命令,却显示cutadapt: command not found,不知道是哪里出了问题,盼复!谢谢!
我的回复(2017-8-14 12:14):程序上边不是有安装的教程吗,仔细看看。装不上找朋友 帮忙 ,或google

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GMT+8, 2019-10-24 07:16

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