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分享 ISME:群落构建过程的平衡介导农田土壤微生物群落物种共存
刘永鑫 2019-10-19 19:22
群落构建过程的平衡介导农田土壤微生物群落物种共存 编译:彭子恒 西北农林科学大学 责编:刘永鑫 中科院遗传发育所 北京大学城市与环境学院陆雅海教授团队于2019年10月14日在 The ISME Journal 期刊发表题目为 Balance between community assembly processes mediates species coexistence in agricultural ...
个人分类: 读文献|35 次阅读|没有评论
分享 QIIME 2用户文档. 8差异丰度分析gneiss(2019.7)
刘永鑫 2019-10-18 14:36
前情提要 NBT:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台 1简介和安装IntroductionInstall 2插件工作流程概述Workflow 3老司机上路指南Experienced 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures Genome Biology:人体各部位微生物组时间序列分析 5粪菌移植分析练习FMT Microbiome:粪 ...
个人分类: QIIME2|106 次阅读|没有评论
分享 南农沈其荣组Science子刊揭示番茄早期微生物组功能决定成年健康
刘永鑫 2019-10-16 23:57
南农沈其荣团队Science子刊成果揭示番茄苗期微生物群落与功能决定成年番茄健康状况 “童年”生长环境决定作物“成年”健康 2019年9月25日,南京农业大学资环学院,沈其荣教授团队微生态与根际健康实验室在土壤微生物与作物健康领域取得重要进展,成果以题为“Initial soil microbiome composition and function ...
个人分类: 新闻|65 次阅读|没有评论
分享 Science:比较基因组揭示银边鱼应对捕鱼行为的表型进化机制
刘永鑫 2019-10-16 09:17
Science|比较基因组揭示银边鱼应对捕鱼行为的表型进化机制 Contrasting genomic shifts underlie parallel phenotypic evolution in response to fishing 撰文:August 中南大学 责编: Science, 2019-08-02, REPORT DOI: https://doi.org/10.1126/science.aaw7271 第一作者:Nina O. Therkildsen 1 ...
个人分类: 读文献|75 次阅读|没有评论
分享 ISME:Micrarchaeota和Parvarchaeota古菌门的代谢多样性
刘永鑫 2019-10-15 09:31
Micrarchaeota和Parvarchaeota古菌门的代谢多样性 撰文:August 中南大学 责编:刘永鑫 中科院遗传发育所 The ISME Journal Chen LX, Méndez-García C, Dombrowski N, et al. Metabolic versatility of small archaea Micrarchaeota and Parvarchaeota. ISME J. 2018;12(3):756–775. doi:10.1038/s41396 ...
个人分类: 读文献|125 次阅读|没有评论
分享 QIIME 2用户文档. 7帕金森小鼠教程Parkinson\'s Mouse(2019.7)
刘永鑫 2019-10-13 14:24
前情提要 Nature Biotechnology:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台 1简介和安装IntroductionInstall 2插件工作流程概述Workflow 3老司机上路指南Experienced 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures Genome Biology:人体各部位微生物组时间序列分析 5粪菌移植分析练习FMT Mi ...
个人分类: QIIME2|138 次阅读|没有评论
分享 纽约理工赵营涛组招聘生信博后
刘永鑫 2019-10-13 10:16
宏基因组按:赵营涛博士是我的同门师兄,均在中科院遗传发育所分子系统中心王秀杰课题组获得生物信息学博士学位。营涛师兄在实验室一直是大家学习的榜样,虽然本科来自南京大学经济学专业,但他对生物学的理解比我这种纯生物背景的人还要好。毕业后在宾夕法尼亚大学做博后,现就职于纽约理工学院。目前在 Nature Medi ...
个人分类: 新闻|122 次阅读|没有评论
分享 Nature子刊:Salmon不比对快速宏基因组基因定量
刘永鑫 2019-10-12 09:42
Salmon:使用双阶段推理对转录本表达进行快速且有偏差意识的量化 Salmon: fast and bias-aware quantification of transcript expression using dual-phase inference Nature Methods 2017-03-06 Brief Communication (短通讯) DOI: https://doi.org/10.1038/nmeth.4197 第一作者:R ...
个人分类: 读文献|93 次阅读|没有评论
分享 metaSPAdes:新型多功能宏基因组拼接工具
刘永鑫 2019-10-9 23:55
metaSPAdes:新型多功能宏基因组拼接软件 metaSPAdes: a new versatile metagenomic assembler Genome Research, 2017-3-15 Method DOI: https://doi.org/10.1101/gr.213959.116 第一作者:Sergey Nurk 1,4 , Dmitry Meleshko 1,4 通讯作者:Pavel A. Pevzner 1,3* 其它作者:Anton Korobeynikov ...
个人分类: 宏基因组|104 次阅读|没有评论
分享 IDBA-UD:组装非均匀覆盖度的宏基因组和单细胞数据
刘永鑫 2019-10-9 22:19
IDBA-UD:用于深度非常不均匀的单细胞和宏基因组测序数据的组装软件 IDBA-UD: a de novo assembler for single-cell and metagenomic sequencing data with highly uneven depth Bioinformatics, 2012-4-11 ORIGINAL PAPER DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts174 第一作者:Yu Peng ...
个人分类: 宏基因组|124 次阅读|没有评论

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