Microbiome：土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环(一作解读)

刘永鑫 2018-11-1 08:12

主编按：焦硕博士早年发表的 《SBB-2016-石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究》 相当经典，我们又约了焦博士近期发表于《Microbiome上关于退耕还林土壤剖面养分循环研究》的一作解读，以飨读者。 不同装配模式的土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环 Soil microbiomes with distinct assemb ...

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SBB-2016-石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究

刘永鑫 2018-10-31 08:57

作者简介：焦硕，博士毕业于西北农林科技大学，目前在北京大学做博士后。 文章链接 https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2016.04.005 主编按：此文于2016年发表于Soil Biology and Biochemistry (IF=4.926)，文章思路清楚、图表美观，发表不到两年引用24次(超杂志平均引用2倍)，更被众多同行选为学习的经典示范材 ...

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没有云平台，又不会代码？MicrobiomeAnalyst：一款综合的可视化微生物组学数据分析网页工具

刘永鑫 2018-10-23 15:45

陕西省微生物研究所 常帆 主要研究方向为土壤微生态，同时负责服务器维护和相关流程搭建。 本文宏基因组公众号原创文章，作者常帆， 编辑、校稿、排版 刘永鑫 简介 文章简介 MicrobiomeAnalyst，综合微生物组学数据网页工具，2017年发表在Nucleic Acids Research上：MicrobiomeAnalyst - a web-based tool for ...

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扩增子分析QIIME2(2018.6). 1简介和安装

刘永鑫 2018-8-15 10:09

扩增子分析QIIME2. 1简介和安装 QIIME2版本 2018.6 更新时间：2018年8月14日 声明：本文为QIIME2官方帮助文档的中文版，由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并测试有效，文档翻译己获QIIME2团队官方授权。由于QIIME2更新频繁，如使用中遇到问题请访问QIIME2官方论坛阅读最新版中文帮助。 中文帮助链接： ...

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易生信-扩增子教程01-背景介绍

刘永鑫 2018-6-20 20:54

距离上次《生信宝典》联合《宏基因组》组织的扩增子分析线下培训结束己经有三个多月了。为方便广大读者的学习，现在开始陆续分享上次培训的内部资料——理论课程课件。希望对想自学分析的朋友起到一定帮助作用。 举一个简单的例子，学过高中生物的人都知道，孟德尔发现遗传学基本规律是(基因分离定律、基因自由 ...

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VSEARCH让你免费使用无内存限制的USEARCH

热度 1 刘永鑫 2018-3-8 13:42

本文“宏基因组”公众号原创。 作者：舟行天下 编辑：metagenome 前言 前面宏基因组公众号号推送过关于USEARCH的介绍及使用，详情见文章： 扩增子分析神器USEARCH简介 。USEARCH软件在扩增子测序分析上堪称神器！该软件依靠大神Robert Edgar开发的UPARSE,UNOISE等算法，在序列搜索、聚类、去重、去嵌合体等步骤的准确 ...

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