科学网

 找回密码
  注册
搜索
热搜: 科学 论文
搜索
分享 NC:恢复菌群多样性或能降低耐药性
刘永鑫 2019-4-26 19:54
主编按:第一次看到此文的推送是因为它引用了我参与的QIIME2,当时并没有引起我多大注意,过几天一位同行发给我此文请教其中的分析思路。仔细一读,发现它的实验设计、分析非常全面。极其适合作为纯分析文章的图表整理学习模板,故精读此文,供同行学习与讨论。以下全文共有2.3万字,7个主图,1个表,21个附图,12个 ...
个人分类: 读文献|1168 次阅读|没有评论
分享 Microbiome:根际微生物影响植物开花时间
刘永鑫 2019-4-21 18:20
根际微生物影响植物开花时间,文章的完成单位,浙江工业大学,中科院城市环境研究所。 文章的通讯作者是朱永官研究员 朱永官成功组建了中国科学院与澳大利亚首个联合实验室,并任首届主任(现任室主任为贺纪正研究员)。首次揭示了土壤—水稻体系中砷—磷—铁膜三者交互作用的机理,论文发表在著名国际刊物New Ph ...
个人分类: 读文献|456 次阅读|没有评论
分享 基于Cytoscape的GIANT增强包分析网络图的Z、P-score
刘永鑫 2019-4-21 17:05
基于Cytoscape的GIANT增强包分析网络图的 Zi 、 Pi -score 作者:郑伟 西北农林科技大学 责编:刘永鑫 中科院遗传发育所 Zi 、 Pi score值简介 Zi 、 Pi score值的基本概念 Zi 、 Pi score值中 Zi 指的是within-module connectivity,而 Pi 指的是among-module connectivity。他们一起用来表示network中每个no ...
个人分类: 编程|554 次阅读|没有评论
分享 Nature综述:微生物构成的氮循环网络(必读)
刘永鑫 2019-4-21 16:08
微生物构成的氮循环网络 The microbial nitrogen-cycling network 翻译:翟志文 中科院遗传发育所 责编:刘永鑫 中科院遗传发育所 Nature Reviews Microbiology, https://doi.org/10.1038/nrmicro.2018.9 Published: 05 February 2018 第一作者:Marcel M. M. Kuypers 通讯作者:Marcel M. M. Kuype ...
个人分类: 读文献|1499 次阅读|没有评论
分享 Microbiome:利用Nanopore高通量测序技术解析污水处理体系可移动抗性基因组(一作解读)
刘永鑫 2019-4-17 14:21
Microbiome:利用Nanopore高通量测序技术解析污水处理体系可移动抗性基因组 香港大学张彤教授团队,利用三代Nanopore高通量测序技术解析了污水处理体系可移动抗性基因组,揭示了质粒在抗性基因转移过程中的重要作用。他们的研究成果以“Mobile antibiotic resistome in wastewater treatment plants revealed by Nanopore ...
个人分类: 读文献|428 次阅读|没有评论
分享 PNAS:简化且具有代表性的玉米根系细菌群落
刘永鑫 2019-4-17 10:32
大家好,今天跟大家分享一篇牛犇老师(现任东北林大教授)2017年在PNAS上发表的关于玉米微生物组的文章。Simplified and representative bacterial community of maize roots 首先,我们看一下研究背景,植物相关微生物对宿主的生长和健康非常重要。通过大量的前期研究,我们知道宿主基因型和非生物因子影响植物微生 ...
个人分类: 读文献|361 次阅读|没有评论
分享 Science:亚硝酸盐氧化细菌在黑暗海洋中的主要作用
刘永鑫 2019-4-15 23:07
亚硝酸盐氧化细菌在黑暗海洋中的主要作用 Major role of nitrite-oxidizing bacteria in dark ocean carbon fixation 撰文:咖啡树 中国科学院大学 责编:刘永鑫 中国科学院遗传与发育生物学研究所 Science, https://doi.org/10.1126/science.aan8260 Published:24 Nov 2017 第一作者:Maria G. Pachi ...
个人分类: 读文献|892 次阅读|没有评论
分享 PICRUSt2:OTU或ASV等16S随便预测宏基因组且数据库增加10倍
刘永鑫 2019-4-14 21:56
PICRUSt推出了近6年,引用2500余次。 现推出PICRUSt2 https://github.com/picrust/picrust2 具有以下三大优势: 任何OTU/ASV直接预测功能; 数据库扩大10倍; 一条命令完成全部分析。 简介 https://github.com/picrust/picrust2/wiki PICRUSt2 (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstru ...
个人分类: 软件|3061 次阅读|没有评论
分享 Microbiome:揩老鼠皮毛揩来高分文章——野生哺乳动物的皮肤和肠道微生物群对环境污染做出的反应
刘永鑫 2019-4-11 12:25
野生哺乳动物的皮肤和肠道微生物群对环境污染做出的反应 Skin and gut microbiomes of a wild mammal respond to different environmental cues 译者:葛德燕 中科院动物所 责编:刘永鑫 中科院遗传发育所 Microbiome, https://doi.org/10.1186/s40168-018-0595-0 Published: 26 November 2018 ...
个人分类: 读文献|372 次阅读|没有评论
分享 玩转花式截图、录屏——FastStoneCapture使用指南
刘永鑫 2019-4-3 21:46
其实Win7/10系统中其实自带了一款软件叫“截图工具”,一般截图就够用了。 但我们今天给大家带来一个全能型截图工具,助力你工作、生活和撰写笔记。 FastStone Capture屏幕截图软件 FastStone Capture是一款经典好用的屏幕截图软件,FastStone Capture可以捕获BMP、GIF、JPEG等众多格式的图片,软件还具有屏幕录 ...
个人分类: 软件|487 次阅读|没有评论

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备14006957 )

GMT+8, 2019-7-22 19:59

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部